唇腭裂的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关。遗传方面有一定倾向，不同遗传模式参与，基因位点待探索；环境因素包括孕期感染风疹病毒、不合理用药、缺乏叶酸、吸烟酗酒等；其他因素有接触有害物质、内分泌失调等均可能致胎儿唇腭裂。
环境因素
孕妇感染：孕期孕妇感染某些病毒，如风疹病毒。在妊娠早期（尤其是怀孕3-8周，此阶段是胎儿面部发育的关键时期），孕妇若感染风疹病毒，病毒可通过胎盘影响胎儿面部的正常发育，增加胎儿发生唇腭裂的几率。有研究显示，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿患唇腭裂的风险比未感染孕妇高很多。
药物因素：孕妇在孕期不合理使用某些药物也可能导致胎儿唇腭裂。例如，孕期服用某些抗癫痫药物等，这些药物可能干扰胎儿面部发育的相关信号通路，从而增加唇腭裂发生的可能性。
营养因素：孕妇孕期缺乏某些重要营养素，如叶酸。叶酸对于胎儿神经管和面部等结构的正常发育至关重要，孕期叶酸缺乏会影响细胞的增殖、分化等过程，进而影响胎儿面部的发育，增加唇腭裂的发生风险。一般建议孕妇在孕前3个月至孕早期3个月补充叶酸，以降低胎儿发生唇腭裂等出生缺陷的风险。
不良生活习惯：孕妇吸烟、酗酒等不良生活习惯也与胎儿唇腭裂的发生有关。吸烟会导致孕妇体内的血氧含量降低，影响胎儿的血液供应，从而干扰胎儿面部的正常发育；酗酒则可能使酒精通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿的生长发育，增加唇腭裂等畸形的发生概率。
其他因素
孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触某些有害物质，如铅等重金属。长期接触铅等有害物质会对胎儿的发育产生不良影响，可能干扰胎儿面部发育相关的细胞代谢和基因表达，增加唇腭裂发生的风险。
内分泌因素：孕妇孕期内分泌失调也可能与胎儿唇腭裂的发生有关。例如，孕期母体的激素水平异常，如孕激素、雌激素等的平衡失调，可能影响胎儿面部发育过程中的组织分化和形态形成，从而导致唇腭裂的发生。
