克罗恩病与溃疡性结肠炎在临床表现、内镜表现、影像学表现、组织病理学表现及特殊人群方面存在差异，克罗恩病可累及胃肠道多部位，有多种症状、内镜下节段性等表现及特定组织病理特征，溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠，有相应腹泻脓血便等表现、内镜下连续性等表现及组织病理特征，特殊人群需分别关注其生长发育或基础疾病对鉴别诊断的影响。
溃疡性结肠炎：主要累及直肠和结肠，多呈反复发作的腹泻、黏液脓血便及腹痛，腹痛多为左下腹或下腹隐痛，常有里急后重；病情严重时可出现全身症状，如发热、贫血等，但一般无腹部包块，瘘管形成少见。
内镜表现
克罗恩病：内镜下可见病变呈节段性、非对称性分布，黏膜呈铺路石样改变，纵行溃疡、裂隙状溃疡，病变之间黏膜正常；肠腔可出现狭窄，病变肠段之间黏膜外观正常是其重要特征。
溃疡性结肠炎：内镜下病变多从直肠开始，呈连续性、弥漫性分布，黏膜血管纹理模糊、紊乱或消失、充血、水肿、易脆、出血及脓性分泌物附着，病变明显处见弥漫性糜烂和多发性浅溃疡；慢性病变可见结肠袋变浅、变钝或消失，假息肉形成等。
影像学表现
克罗恩病：钡剂灌肠检查可见病变呈节段性，肠管狭窄，“线样征”，病变之间肠管黏膜正常；腹部CT或MRI检查可发现肠壁增厚、腹腔脓肿、瘘管形成等。
溃疡性结肠炎：钡剂灌肠检查可见黏膜粗乱和（或）颗粒样改变，多发性浅溃疡，肠管缩短，结肠袋消失，可呈“铅管样”改变；腹部CT或MRI检查主要显示肠壁增厚等。
组织病理学表现
克罗恩病：黏膜下层淋巴细胞聚集，裂隙状溃疡，肠壁全层炎，可见非干酪样肉芽肿。
溃疡性结肠炎：黏膜及黏膜下层炎症，有隐窝脓肿，杯状细胞减少，黏膜肌层与肌层增厚，无肉芽肿形成。
特殊人群方面，儿童克罗恩病患者在生长发育上需特别关注，其治疗除了考虑疾病本身，还需兼顾生长需求；老年患者可能合并其他基础疾病，在鉴别时要充分考虑基础疾病对临床表现等的影响，比如老年患者基础疾病可能导致症状不典型等情况，需综合多方面因素进行准确鉴别。
