唇腭裂的发生与遗传、环境及其他因素有关。遗传方面，是多基因遗传性疾病，家族有患者后代风险增，特定基因位点突变等可致；环境因素包括孕期感染风疹病毒、营养缺乏（如叶酸）、接触不良物质（吸烟、饮酒）、药物使用不当；其他因素有孕妇年龄过大或过小、内分泌因素影响胎儿面部发育。
环境因素
母体孕期感染：孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，病毒可通过胎盘影响胎儿面部发育，增加胎儿唇腭裂的发生风险。研究显示，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿患唇腭裂的几率比未感染孕妇的胎儿高很多。
孕期营养缺乏：孕妇孕期缺乏某些重要营养素，如叶酸等，叶酸对于胎儿面部结构的正常发育起着关键作用，缺乏叶酸会干扰胎儿面部发育过程中的细胞分化等重要生理过程，从而增加胎儿唇腭裂发生的可能性。一般来说，孕妇在孕前及孕早期缺乏叶酸，就可能影响胎儿面部发育。
孕期接触不良物质：孕妇在孕期接触某些有害物质，如吸烟、饮酒等。吸烟产生的尼古丁等有害物质会通过胎盘影响胎儿血液循环，干扰胎儿面部组织的正常发育；饮酒则可能通过酒精的毒性作用影响胎儿的生长发育，包括面部发育，增加唇腭裂发生风险。有长期吸烟饮酒史的孕妇，其胎儿患唇腭裂的风险明显高于无此不良接触史的孕妇。
药物因素：某些药物在孕期使用不当也可能导致胎儿唇腭裂。一些抗癫痫药物等，如果孕妇在孕期未经医生合理指导擅自服用，可能会对胎儿发育产生不良影响，增加唇腭裂发生的几率。
其他因素
年龄因素：孕妇的年龄也是一个相关因素。孕妇年龄过大或过小，胎儿发生唇腭裂的风险相对较高。一般来说，高龄孕妇（年龄大于35岁）以及低龄孕妇（年龄小于20岁）所孕育的胎儿，其唇腭裂的发病风险较适龄孕妇（20-35岁）有所增加。这可能与高龄孕妇的卵子质量下降以及低龄孕妇自身身体发育尚未完全成熟等因素有关。
内分泌因素：孕期孕妇体内内分泌水平的变化也可能影响胎儿面部发育。例如，孕妇孕期肾上腺皮质功能亢进等内分泌紊乱情况，可能会干扰胎儿面部发育的正常进程，从而增加唇腭裂发生的可能性。
