功能性胃肠病可引发多种消化道症状，腹痛部位不固定、性质多样且与进食排便等因素相关；腹胀表现为腹部胀满不适、进食后加重；恶心呕吐时呕吐物多为胃内容物，不同年龄层诱因有别；腹泻排便次数增多，便秘排便困难、次数减少，不同人群诱因各异；还会有反酸烧心（肥胖、吸烟饮酒者易出现）、嗳气（精神紧张等人群易发生）等其他消化道症状。
腹胀
表现：患者自觉腹部胀满不适，可伴有早饱感，即进食少量食物就有饱腹感。腹胀可能在进食后加重，尤其进食易产气食物（如豆类、碳酸饮料等）后更明显。对于有基础疾病或特殊生活方式的人群，如老年人胃肠蠕动功能减弱，更容易出现腹胀；长期久坐、缺乏运动的人也可能因胃肠动力不足导致腹胀。
恶心、呕吐
情况：部分功能性胃肠病患者会出现恶心，严重时可伴有呕吐。呕吐物多为胃内容物，一般无血性或胆汁样物质（若有则需警惕其他器质性疾病可能）。不同年龄层中，儿童功能性恶心呕吐可能与感染后胃肠功能紊乱、心理因素等有关；老年人可能因消化系统功能衰退，在多种因素刺激下出现恶心呕吐症状。
腹泻或便秘
腹泻：功能性胃肠病相关腹泻可为稀便，排便次数增多，每日可达数次至十余次不等。其发生可能与胃肠动力异常、肠道敏感性增高等有关，一些精神压力大的人群更易出现腹泻型功能性胃肠病，儿童腹泻还可能与饮食卫生、食物过敏等因素相关。
便秘：表现为排便困难，粪便干结，排便次数减少，每周排便少于3次。老年人由于胃肠蠕动减慢、肠道分泌功能减退等原因，便秘发生率较高；一些长期节食减肥、运动过少的人群也易出现功能性便秘。
其他消化道症状
反酸、烧心：部分患者会有胃酸反流至食管的感觉，伴有胸骨后烧灼感，尤其在卧位、弯腰或腹压增高时易出现。这与食管下括约肌功能失调等因素有关，肥胖人群因腹压较高，更容易出现反酸、烧心症状；吸烟、饮酒等不良生活方式也会加重该症状。
嗳气：患者频繁出现嗳气现象，可自发或因吞咽空气后引起，嗳气后可能会有短暂的腹部舒适感。精神紧张、焦虑的人群嗳气发生率相对较高，儿童嗳气可能与喂养不当等有关。
