鼻窦囊肿常见症状有：囊肿较小时可无症状；较大时可有局部压迫症状，如累及眼眶致眼部胀痛等、引起面部胀满等；破裂时鼻腔可有清亮液体流出；还可有头痛、鼻塞等伴随症状，不同年龄段表现有差异，有鼻炎鼻窦炎病史者风险相对高，过敏体质者鼻塞易加重。
囊肿较大时的局部压迫症状
眼部相关症状：若囊肿累及眼眶相关结构，比如上颌窦囊肿增大可能压迫眼眶，导致眼部胀痛、眼球移位、复视（看东西重影）等表现。儿童由于眼部结构尚在发育中，囊肿压迫可能对其视力发育等产生影响需更密切关注。成年女性在生理期等特殊时期，激素水平变化可能使囊肿相关症状略有波动，但一般不改变主要症状特征。
面部不适症状：鼻窦囊肿可引起面部相应部位的胀满感、压迫感。例如额窦囊肿较大时，可出现前额部闷胀不适；筛窦囊肿较大时，可能有内眦部（两眼中间部位）的胀痛等。对于有长期鼻炎、鼻窦炎病史的人群，鼻窦囊肿发生的风险相对可能更高，且原有鼻部疾病可能与囊肿症状相互影响，加重面部不适等表现。
囊肿破裂相关症状：当鼻窦囊肿破裂时，囊液可能经窦口流出，患者可突然感觉到鼻腔有清亮液体流出，这种情况在低头、挤压鼻部等动作时可能更易发生。对于儿童来说，自身表述能力有限，家长需留意孩子是否有不明原因的鼻腔清亮液体流出等情况。
其他伴随症状
头痛：部分鼻窦囊肿患者会出现头痛症状，疼痛的部位与囊肿所在的鼻窦相关。比如额窦囊肿引起的头痛多在前额部，筛窦囊肿引发的头痛可位于内眦或鼻根部等。头痛的程度和性质因人而异，有的可能是隐痛，有的可能较为剧烈。在不同年龄段人群中，头痛的表现可能有所不同，儿童可能更难以准确描述头痛性质，更多表现为哭闹、烦躁不安等异常表现，而成年患者相对能更清晰表述头痛特点。
鼻塞：囊肿增大堵塞鼻窦开口或占据鼻窦空间时，可引起鼻塞症状，程度可轻可重。轻度鼻塞可能只是鼻腔通气稍有不畅，重度鼻塞则可能明显影响呼吸，导致患者张口呼吸等。对于有过敏体质的人群，本身就容易出现鼻腔黏膜肿胀等情况，若合并鼻窦囊肿，鼻塞症状可能更易加重，需要综合考虑过敏因素与囊肿因素对鼻塞的影响。
