慢性肠炎一般难以自愈，病因多样，不同病因及个体差异对其自愈有影响，特殊人群患慢性肠炎也不会自愈且各有情况，如感染因素致慢性肠炎难自愈，自身免疫性慢性肠炎病情会进展，儿童、老年人、孕妇患慢性肠炎均需干预，因其自身难自愈且会有不良影响。
不同病因及个体差异对自愈的影响
感染因素导致的慢性肠炎：若为细菌感染引起的慢性肠炎，如某些耐药菌感染导致的情况，若不进行干预，炎症难以自行消退。一般来说，普通的急性肠道细菌感染，若患者自身免疫力较强且感染程度较轻，可能在数天到一周左右有所缓解，但要完全自愈且不转为慢性的情况较少，多数会转为慢性。而病毒感染引起的慢性肠炎，例如某些肠道病毒持续感染肠道黏膜，也很难自行痊愈，往往会持续存在肠道不适症状，如腹泻、腹痛等。
自身免疫性慢性肠炎：像溃疡性结肠炎这类自身免疫性的慢性肠炎，是由于自身免疫系统错误地攻击肠道黏膜，这种异常的免疫反应不会自行停止，病情会逐渐进展或反复发作，不会自愈。患者会长期出现腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，且随着时间推移可能会出现并发症，如肠穿孔、大出血等。
个体差异方面：年轻人如果生活方式较好、身体素质较强，可能在去除一些诱因后，肠道炎症有一定的缓解趋势，但也很难完全自愈；而老年人由于身体机能衰退，免疫力低下，肠道的修复能力较差，慢性肠炎更容易持续存在，并且出现并发症的风险更高，往往需要医疗干预来控制症状和病情进展。
特殊人群的情况
儿童：儿童患慢性肠炎时，由于其肠道功能发育尚不完善，自我修复能力相对较弱，而且儿童对疾病的耐受能力较差，慢性肠炎若不干预，可能会影响生长发育，导致营养不良等问题。例如感染性慢性肠炎的儿童，若不进行抗感染等治疗，腹泻、腹痛等症状会持续，影响进食和营养吸收。
老年人：老年人患慢性肠炎时，常合并有其他基础疾病，如糖尿病、冠心病等，这会进一步影响肠道的血液供应和自身修复。同时，老年人的药物代谢能力下降，在选择治疗方案时需要更加谨慎，但慢性肠炎本身不会自愈，需要根据具体病情进行药物等干预来控制症状，减少并发症的发生。
孕妇：孕妇患慢性肠炎时，需要特别谨慎处理，因为药物使用可能会影响胎儿。但慢性肠炎也不会自愈，若不进行适当干预，可能会影响孕妇的营养状况，进而影响胎儿的生长发育。需要在医生的指导下，选择对胎儿影响较小的方式来控制肠道炎症，缓解症状。
