毛囊炎的常见原因包括细菌感染（如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌）、真菌感染（如马拉色菌）、皮肤损伤与刺激（如外伤、摩擦与压迫）、机体免疫力低下（如患有糖尿病、长期使用免疫抑制剂）。
金黄色葡萄球菌：是引起毛囊炎最常见的病原菌。正常皮肤表面可能会有少量金黄色葡萄球菌定植，当皮肤受到外伤（如搔抓、摩擦等）、皮肤卫生状况差时，细菌容易侵入毛囊，引发炎症反应。例如，长期处于潮湿环境且不注意皮肤清洁的人，皮肤表面的金黄色葡萄球菌更容易繁殖并导致毛囊炎。对于儿童来说，由于皮肤较为娇嫩，玩耍过程中皮肤容易受到微小损伤，如果此时皮肤清洁不到位，也容易被金黄色葡萄球菌感染引发毛囊炎。
表皮葡萄球菌：也是毛囊炎的常见致病菌之一，通常在皮肤屏障功能受损时，可趁机侵入毛囊引起炎症。
真菌感染
马拉色菌：属于条件致病性真菌，在皮肤油脂分泌旺盛的部位容易大量繁殖。比如青春期人群，由于体内雄激素水平升高，导致皮脂腺分泌增加，为马拉色菌的生长提供了丰富的营养物质，从而容易引发马拉色菌性毛囊炎。对于婴幼儿，如果过度清洁皮肤破坏了皮肤正常的微生态平衡，或者皮肤油脂分泌相对旺盛，也可能会受到马拉色菌感染而出现毛囊炎。
皮肤损伤与刺激
外伤：如皮肤受到擦伤、抓伤、昆虫叮咬等，皮肤的完整性被破坏，细菌或真菌等病原体容易入侵毛囊引发炎症。例如，在户外活动时被蚊虫叮咬后搔抓皮肤，就可能导致毛囊感染引发毛囊炎。对于老年人，由于皮肤弹性下降、修复能力减弱，皮肤外伤后更容易发生毛囊炎。
摩擦与压迫：长期穿着紧身不透气的衣物，如紧身牛仔裤等，会使皮肤反复受到摩擦和压迫，导致毛囊受损，局部皮肤的通气性和散热性变差，容易滋生细菌或真菌而引发毛囊炎。长时间久坐的人群，臀部皮肤长时间受到压迫，也容易出现毛囊炎。对于肥胖人群，由于皮肤褶皱处较多，皮肤之间的摩擦增加，更容易发生毛囊炎。
机体免疫力低下
患有糖尿病等基础疾病的人群，由于血糖控制不佳，机体的免疫功能受到影响，容易受到细菌或真菌的侵袭，从而增加毛囊炎的发生风险。例如，糖尿病患者血糖长期处于较高水平，会影响白细胞的功能，使机体抵御病原体的能力下降，容易引发各种感染包括毛囊炎。对于儿童期患有免疫缺陷疾病的儿童，其自身免疫力低下，更容易反复发生毛囊炎等感染性疾病。
长期使用免疫抑制剂的人群，如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，机体的免疫功能被抑制，也容易发生毛囊炎等感染。
