胃食管反流的发生与抗反流屏障结构与功能异常、食管清除作用降低、食管黏膜屏障功能降低、胃排空延迟等因素有关。抗反流屏障可因LES压力降低、结构异常致功能障碍；食管清除作用会因蠕动或唾液分泌异常而降低；食管黏膜屏障可因多种因素致功能降低；胃排空延迟会因胃内压力升高增加反流概率。
一、抗反流屏障结构与功能异常
食管下括约肌（LES）压力降低：LES是食管末端约3-4cm长的环形肌束，是防止胃内容物反流的重要屏障。多种因素可导致LES压力降低，如某些激素（如缩胆囊素、胰高血糖素、血管活性肠肽等）、食物（如高脂肪、巧克力等）、药物（如钙通道阻滞剂、地西泮等）。在年龄方面，随着年龄增长，LES功能可能会逐渐减退，老年人发生胃食管反流的风险相对较高；在性别上，目前尚无明确证据表明男女在LES压力降低导致胃食管反流的发病上有显著差异，但女性在妊娠期间，由于腹腔内压力升高，可使LES压力降低，增加胃食管反流的发生风险。
LES结构异常：如食管裂孔疝，是指部分胃经膈食管裂孔进入胸腔。食管裂孔疝可破坏LES的正常解剖结构，导致抗反流屏障功能障碍，使胃内容物更容易反流至食管。
二、食管清除作用降低
正常情况下，食管通过蠕动、唾液清除等方式清除反流物。当食管蠕动功能障碍时，如某些神经系统疾病（如帕金森病等）患者，食管蠕动减慢，清除反流物的能力下降，从而增加胃食管反流的发生风险。另外，唾液分泌减少也会影响食管的清除作用，例如一些干燥综合征患者，唾液分泌不足，食管清除反流物的能力减弱。
三、食管黏膜屏障功能降低
食管黏膜的屏障功能由上皮前、上皮、上皮后三道防线组成。当这三道防线中的任何一道受到破坏时，食管黏膜屏障功能降低，使食管黏膜更容易受到反流物的损伤。例如长期饮酒、吸烟等不良生活方式，可损伤食管黏膜的上皮前防线，影响黏膜的防御功能；某些药物（如非甾体类抗炎药）也可能直接损伤食管黏膜上皮，导致黏膜屏障功能降低。在年龄因素上，老年人食管黏膜的更新速度减慢，黏膜修复能力下降，也更容易出现黏膜屏障功能降低的情况。
四、胃排空延迟
胃排空延迟可使胃内压力升高，从而增加胃内容物反流至食管的概率。常见于糖尿病患者，糖尿病引起的自主神经病变可影响胃的蠕动和排空功能；另外，一些胃肠动力障碍性疾病，如胃轻瘫综合征等，也会导致胃排空延迟。在生活方式方面，暴饮暴食会加重胃的负担，导致胃排空延迟，进而增加胃食管反流的发生风险。
