耳廓假性囊肿病因未完全明确，可能与机械性刺激因素（局部受压或摩擦致微循环障碍、组织间液积聚）、免疫学因素（免疫反应致局部血管通透性增加、液体渗出）、内分泌因素（内分泌紊乱影响局部组织代谢）、软骨膜病变（软骨膜炎症或非炎症改变致通透性改变、液体积聚）有关。
局部受到压迫或摩擦：部分患者可能是由于耳廓受到长时间的压迫或摩擦所致。例如，长时间侧卧压迫耳廓，或者某些特定的睡眠姿势、工作中长时间佩戴耳机等，这些机械性刺激可能导致耳廓局部微循环障碍，引起组织间液积聚。从解剖结构来看，耳廓的软骨膜与软骨之间的潜在间隙容易因这种异常刺激而发生变化，导致浆液性渗出，进而形成耳廓假性囊肿。不同年龄段的人群都可能因相应的生活方式导致这种机械性刺激，比如儿童如果睡觉时经常固定一侧压迫耳廓，也有发生耳廓假性囊肿的可能；成年人长时间佩戴不合适的耳机，同样会增加患病风险。
免疫学因素
免疫反应参与：有研究推测免疫反应可能在耳廓假性囊肿的发病中起到一定作用。机体的免疫系统可能对耳廓局部的某些刺激产生异常反应，导致局部血管通透性增加，使得液体渗出到软骨膜与软骨之间的间隙。这种免疫反应的具体机制尚不完全清晰，但从一些临床观察和相关基础研究可以发现，免疫因素与耳廓假性囊肿的发生发展存在一定关联。不同性别在免疫反应上可能存在一定差异，但目前并没有明确证据表明性别是导致耳廓假性囊肿因免疫因素发病的关键区分点，不过不同性别患者在面对相同的免疫刺激时，可能在病情发展和恢复上存在个体差异。
其他因素
内分泌因素：内分泌紊乱也可能与耳廓假性囊肿的发生有关。例如，体内激素水平的变化可能影响耳廓局部组织的代谢等功能。但目前关于内分泌因素与耳廓假性囊肿的具体关联机制还需要进一步深入研究。不同年龄阶段的人群内分泌状态不同，青少年时期内分泌波动较大，可能相对更容易受到内分泌因素影响而发生耳廓假性囊肿；中老年人群内分泌逐渐趋于稳定，但如果出现内分泌失调情况，也可能引发该病。
软骨膜病变：耳廓软骨膜本身的病变可能是发病的基础。软骨膜的炎症或非炎症性改变可能导致其通透性改变，使得液体容易在软骨膜与软骨之间积聚。这种软骨膜病变的具体诱因可能多种多样，比如轻微的创伤、感染等，但不一定是明显的感染性炎症，更多的是一种非特异性的病变过程。不同生活方式的人群，比如经常从事剧烈运动导致耳廓软骨膜受到微小创伤的人，相对于生活方式较平稳的人，可能更易因软骨膜病变引发耳廓假性囊肿。
