上颚鼻窦囊肿有多种常见症状，局部压迫可致面部及上颚部胀满感、牙齿松动疼痛等；鼻腔相关症状包括鼻塞、流涕；累及眶下区域时会有眼部胀满感、复视；少数患者还会出现头痛。
1.局部压迫相关症状
面部及上颚部胀满感：囊肿较小时可能无明显自觉症状，随着囊肿逐渐增大，患者可感觉上颚部位或者面部有胀满不适的感觉，这种胀满感可能会在晨起时相对明显一些，这与夜间体位变化，囊肿位置相对改变有关，对于儿童患者，由于其表述能力相对有限，可能会表现出无故的烦躁、哭闹等情况，因为面部及上颚部的不适会影响其舒适度。
牙齿相关症状：若囊肿累及牙齿根部，可能会导致牙齿松动、疼痛等症状。对于青少年患者，正处于牙齿发育阶段，上颚鼻窦囊肿累及牙齿可能会影响牙齿的正常萌出和排列，导致牙齿排列不齐等问题；成年患者则可能出现牙齿的咬合不适，长期的牙齿疼痛还可能影响进食，进而影响营养摄入，对于有基础疾病的成年患者，还可能因进食不佳而加重基础疾病的病情。
2.鼻腔相关症状
鼻塞：囊肿较大时可能会堵塞鼻腔，引起单侧或双侧鼻塞。儿童鼻腔相对狭窄，囊肿引起的鼻塞可能会更为明显，严重时可影响儿童的呼吸，导致睡眠时打鼾、张口呼吸等情况，长期张口呼吸可能会影响儿童的面部发育，出现腺样体面容等；成年患者鼻塞可能会影响正常的通气，导致嗅觉减退，因为鼻腔通气不畅会影响气味分子到达嗅区，对于从事需要良好嗅觉的职业的成年患者，如厨师等，嗅觉减退会严重影响其工作。
流涕：部分患者可能出现流涕症状，流涕的性质可为清水样或黏液样。对于老年患者，本身鼻腔黏膜功能减退，上颚鼻窦囊肿引起的流涕可能会导致鼻腔分泌物清理不及时，容易引发鼻腔感染，出现鼻腔黏膜充血、水肿加重等情况，进而加重鼻塞等症状。
3.眼部相关症状（当囊肿累及眶下区域时）
眼部胀满感：囊肿向眼眶方向发展时，可引起眼部胀满感，患者可能会感觉眼球有突出或胀满的异常感觉。对于女性患者，在生理期时，本身身体的敏感性可能会增加，眼部的胀满感可能会更为明显；老年女性患者由于眼部组织的退行性变，对这种胀满感的耐受程度可能相对较低，更需要密切关注眼部情况。
复视：严重时可能会压迫眼部肌肉等组织，导致复视，即看东西重影。儿童患者出现复视可能会影响其视觉发育，需要及时进行评估和干预；成年患者出现复视则会严重影响其日常生活和工作，如驾驶等需要良好视力的活动都会受到限制。
4.其他症状
头痛：少数患者可能出现头痛症状，疼痛部位多在上颚、面部或眼部周围。对于有偏头痛病史的患者，上颚鼻窦囊肿引起的头痛可能会与原有偏头痛症状混淆，需要仔细鉴别诊断；儿童患者头痛可能表现为哭闹不止、用手触摸头部等行为，需要家长密切观察并及时就医。
