胎儿心脏室间隔缺损受遗传、环境及其他因素影响，遗传因素有染色体异常和单基因遗传病等；环境因素包括母体感染、药物影响、接触有害物质、母体疾病等；其他因素有胎盘功能异常、胚胎发育早期偶然因素等。
某些单基因遗传病也与室间隔缺损相关。一些特定的基因突变可能影响心脏发育过程中的关键信号通路，从而导致室间隔在胚胎发育时期不能正常融合，进而形成室间隔缺损。不同性别在遗传易感性上可能无明显差异，但家族中有遗传病史的情况下，胎儿发生室间隔缺损的风险会增加。
环境因素
母体感染：孕早期母亲感染风疹病毒、巨细胞病毒等病原体时，病毒可通过胎盘影响胎儿心脏的发育。例如，孕妇在妊娠前3个月内感染风疹病毒，胎儿患室间隔缺损等心脏畸形的概率明显升高。这是因为病毒感染可干扰胚胎心脏的正常发育进程，影响心脏各部分的形成和融合。不同生活方式的孕妇，如是否有良好的卫生习惯等，会影响感染风险，生活在卫生条件较差环境中的孕妇感染风险相对较高。
药物影响：孕早期母亲服用某些特定药物，如抗癫痫药物等，可能增加胎儿室间隔缺损的发生风险。这些药物可能通过干扰胚胎细胞的分化、增殖等过程，影响心脏的正常发育。年龄较大的孕妇，身体机能相对下降，对药物等外界因素的抵御能力减弱，胎儿受药物影响发生室间隔缺损的风险可能相对增加。
接触有害物质：孕妇接触射线、化学毒物等有害物质也与胎儿室间隔缺损有关。长期处于有射线环境工作的孕妇，如放射科工作人员，其胎儿接触射线的机会增加，发生心脏畸形包括室间隔缺损的风险升高。生活方式中经常接触化学毒物，如长期接触农药等的孕妇，胎儿受影响的概率增大。
母体疾病：孕妇患有糖尿病等代谢性疾病时，胎儿发生室间隔缺损的风险较高。糖尿病母亲体内高血糖环境会影响胚胎的代谢过程，干扰心脏发育相关的信号传导和细胞分化等，从而导致心脏结构异常。不同年龄的糖尿病孕妇，对胎儿的影响程度可能不同，一般来说，年龄越大，孕期并发症发生的可能性相对越高，对胎儿心脏发育的不良影响可能更明显。
其他因素
胎盘功能异常：胎盘是胎儿与母体进行物质交换的重要器官，胎盘功能异常可能影响胎儿的营养供应和氧气输送，从而干扰心脏的正常发育。例如胎盘早剥等胎盘异常情况，会导致胎儿在子宫内的微环境发生变化，增加室间隔缺损等心脏畸形的发生风险。不同孕周的胎儿，胎盘功能对其心脏发育的影响程度有所不同，孕晚期胎盘功能逐渐减退时，若出现异常，对胎儿心脏发育的不良影响更为显著。
胚胎发育早期的偶然因素：在胚胎心脏发育的关键时期，如胚胎期的第4-8周，任何偶然的因素干扰都可能导致室间隔缺损。例如胚胎自身的基因表达调控出现短暂异常等情况，虽然这种情况发生的概率较低，但一旦出现就可能引发心脏结构的异常。
