回肠溃疡的诊断需从病史采集、体格检查、实验室检查、影像学检查及内镜检查多方面进行。病史采集要考虑年龄、性别、生活方式及既往病史；体格检查关注全身及腹部体征；实验室检查包括血常规、粪便常规及潜血、生化及自身抗体检测等；影像学检查有腹部超声、X线钡剂造影、CTE、MRE等；内镜检查中结肠镜可直接观察并取病理。
生活方式：询问患者的饮食情况，如是否有长期进食辛辣、刺激性食物、酗酒等习惯，这些可能与肠道黏膜损伤有关。了解患者的旅行史，是否到过肠道传染病流行地区，有无不洁饮食史，这对感染性回肠溃疡的诊断有帮助。还需询问患者的用药史，是否长期服用非甾体类抗炎药等可能损伤肠道黏膜的药物。
病史：既往是否有肠道疾病史，如克罗恩病、溃疡性结肠炎等病史；有无结核病史，因为肠结核也可累及回肠导致溃疡形成；有无恶性肿瘤家族史等。
体格检查
全面的体格检查有助于发现一些线索，如患者有无发热、贫血貌、腹部压痛部位（回肠溃疡患者可能有右下腹压痛）、腹部包块等情况。例如，克罗恩病患者可能在右下腹触及包块。
实验室检查
血常规：了解患者有无贫血，若血红蛋白降低提示可能存在慢性失血等情况。白细胞计数及分类可帮助判断有无感染，如白细胞升高伴中性粒细胞比例增高可能提示存在感染性炎症。
粪便常规及潜血：粪便潜血阳性提示消化道存在出血情况，有助于判断回肠溃疡是否有活动性出血。粪便中查找病原体，如寄生虫卵、结核杆菌等，对感染性回肠溃疡的诊断有意义。
生化检查：肝肾功能、电解质等检查可了解患者的一般状况，对于评估患者的整体病情及后续治疗有帮助。血沉、C-反应蛋白等炎症指标升高提示体内存在炎症反应，可能与回肠溃疡的炎症活动相关，如克罗恩病患者常伴有血沉和C-反应蛋白升高。
自身抗体检测：对于考虑自身免疫性肠道疾病导致回肠溃疡的患者，如克罗恩病可能检测抗中性粒细胞胞浆抗体等，溃疡性结肠炎可能检测抗中性粒细胞胞浆抗体等自身抗体，辅助诊断。
影像学检查
腹部超声：可初步观察回肠部位肠壁的情况，如肠壁厚度等，但超声对回肠溃疡的诊断敏感性相对有限，主要用于初步筛查，观察有无肠腔狭窄、腹腔积液等情况。
X线钡剂造影：口服钡剂后进行X线检查，可观察回肠的黏膜形态、肠腔是否狭窄、有无龛影等情况。例如，克罗恩病在钡剂造影下可表现为“跳跃征”等特征性改变，但对于一些轻微的回肠溃疡可能显示不清晰。
CT肠道成像（CTE）：能更清晰地显示回肠肠壁的增厚、溃疡情况、周围组织及淋巴结等情况，对于回肠溃疡的诊断及病情评估有一定价值，可发现X线钡剂造影不易察觉的病变。
MRI肠道成像（MRE）：对软组织的分辨率较高，对于回肠溃疡的诊断也有一定帮助，尤其适用于对造影剂过敏等不适合做CTE的患者。
内镜检查
结肠镜检查：是诊断回肠溃疡的重要手段。通过结肠镜可以直接观察回肠黏膜的情况，看到溃疡的部位、大小、形态、数目等，还可以取活组织进行病理检查，这是明确回肠溃疡性质（如炎症性、肿瘤性、感染性等）的关键。在进镜时要注意循腔进镜，保证观察的全面性，对于回肠末段的溃疡需要尽量到达并观察。儿童进行结肠镜检查时需注意操作的轻柔，避免造成肠道损伤等。
