毛囊炎与痤疮在病因、临床表现、好发人群及部位、病程及预后方面存在区别。病因上毛囊炎主要由细菌感染等引起，痤疮与皮脂腺分泌、雄激素、毛囊导管角化等多种因素相关；临床表现毛囊炎是毛囊口红色丘疹发展成脓疱，痤疮有粉刺、丘疹等多样表现；好发人群及部位上毛囊炎各年龄段均可，痤疮主要青少年，部位有差异；病程及预后上毛囊炎轻的易愈，重的可慢性，痤疮病程不一，重的可留瘢痕。
毛囊炎：主要由细菌（如金黄色葡萄球菌）感染引起，皮肤外伤、搔抓、皮肤卫生状况差等因素易诱发，糖尿病患者等因机体抵抗力下降也较易患毛囊炎，不同部位的毛囊因局部环境差异，感染细菌种类可能有别，比如头皮毛囊炎可能与皮脂腺分泌等因素协同促进细菌滋生。
痤疮：与多种因素相关，皮脂腺分泌旺盛是重要因素，雄激素水平升高会促使皮脂腺增大、皮脂分泌增加；毛囊皮脂腺导管角化异常，导致导管堵塞，皮脂排出受阻；痤疮丙酸杆菌繁殖引发炎症反应；遗传因素也对痤疮的发生有影响，此外，饮食（高糖、高脂饮食等）、内分泌紊乱、情绪压力等也可能诱发或加重痤疮，不同年龄段人群因激素水平变化等因素，痤疮的发病情况有所不同，青春期人群因激素波动更易患痤疮。
临床表现方面：
毛囊炎：典型表现为毛囊口出现红色丘疹，逐渐发展成脓疱，脓疱周围有红晕，皮疹大小较一致，一般直径数毫米，好发于头面部、颈部、臀部等有毛囊分布的部位，皮疹单个存在时可有疼痛或瘙痒感，多个皮疹聚集时症状可能更明显，儿童皮肤娇嫩，毛囊炎可能因搔抓等更容易扩散。
痤疮：表现多样，有粉刺（包括白头粉刺和黑头粉刺）、丘疹、脓疱、结节、囊肿等。粉刺是痤疮的早期表现，白头粉刺为皮肤色或灰白色丘疹，无明显开口；黑头粉刺是开放性粉刺，顶端为黑色；丘疹一般为红色小疙瘩；脓疱是在丘疹基础上出现的含有脓液的小泡；结节和囊肿则相对较大，结节质地较硬，囊肿可能有波动感，痤疮好发于面部，也可累及胸背部等皮脂腺丰富部位，不同形态的皮疹在同一患者不同时期可能同时存在，青少年是痤疮的高发人群，性别上无绝对差异，但青春期男性可能因雄激素水平更高痤疮相对更严重。
好发人群及部位方面：
毛囊炎：各年龄段均可发病，免疫力低下者、皮肤有破损者更易发病，好发于头面、颈、胸背、臀及四肢等有毛囊的部位。儿童由于皮肤防御功能不完善，在玩耍中易造成皮肤微小损伤，若不注意卫生，更易发生毛囊炎。
痤疮：主要好发于青少年，12-25岁年龄段多见，也有部分成年人发病，好发于面部，其次是胸背部、肩部等皮脂腺发达区域，男性在青春期雄激素水平高，相对女性更易出现痤疮问题，但女性在月经周期等特殊时期也可能痤疮加重。
病程及预后方面：
毛囊炎：病情较轻的毛囊炎，经适当处理，一般数天至一周左右可好转痊愈，预后较好，不留瘢痕或仅留短暂色素沉着；但若感染严重、反复发作，可能形成慢性毛囊炎，儿童慢性毛囊炎可能影响皮肤正常发育，需及时干预。
痤疮：病程长短不一，轻中度痤疮经规范治疗可能数周-数月好转，重度痤疮病程较长，可能长达数年，且部分患者愈后会留下瘢痕（包括凹陷性瘢痕和增生性瘢痕），影响外观，青少年痤疮患者若不恰当处理可能因瘢痕问题影响心理状态，需关注其心理健康。
