胰腺先天性疾病病因复杂，涉及遗传因素（单基因遗传致特定基因突导致胰腺异常，多基因遗传与环境共同作用增发病概率）、胚胎发育异常（原基形成障碍致形态位置改变，分化过程异常引发功能先天性异常）、环境因素（孕期感染、接触有害物质、营养因素影响胎儿胰腺发育）。
单基因遗传：某些胰腺先天性疾病与特定的单基因遗传突变相关。例如，一些遗传性胰腺炎相关的基因发生突变可能导致胰腺先天性发育及功能方面出现异常。研究发现，阳离子胰蛋白酶原基因（PRSS1）的突变是遗传性胰腺炎的重要致病因素之一，该基因的突变会使胰蛋白酶原提前激活，导致胰腺组织自身消化，进而影响胰腺的正常发育和功能，增加胰腺先天性疾病发生的风险。不同性别、年龄的人群都可能受遗传因素影响，但具有遗传易感性的个体在胚胎发育过程中就可能因基因缺陷出现胰腺先天性结构或功能的异常。
多基因遗传：胰腺先天性疾病也可能是多基因遗传与环境因素共同作用的结果。多个基因的微小变异可能相互作用，再加上环境等因素的影响，增加胰腺先天性疾病发生的概率。例如，一些与胰腺发育相关的多个基因的协同作用异常，可能导致胰腺在胚胎发育时期形态、结构等方面出现先天性异常。
胚胎发育异常
胰腺原基形成障碍：在胚胎发育早期，胰腺原基的正常形成是胰腺正常发育的基础。如果在胚胎发育的第4周左右，内胚层细胞形成的胰腺原基出现发育障碍，就可能导致胰腺先天性疾病。例如，胰腺原基的细胞增殖、迁移等过程出现异常，会使胰腺的形态、位置等发生改变。在胚胎发育过程中，不同阶段的异常都会对胰腺的最终形成产生影响，如胰腺原基未能正确从十二指肠背侧和腹侧发生、迁移并融合，可能导致胰腺分裂等先天性畸形，影响胰腺的正常生理功能。
分化过程异常：胰腺原基形成后，还需要经历正常的分化过程才能形成具有不同功能的胰腺组织，如腺泡细胞、导管细胞、胰岛细胞等。如果在分化过程中出现异常，也会引发胰腺先天性疾病。例如，胰岛细胞分化异常可能导致胰岛素分泌等功能先天性异常；腺泡细胞分化异常可能影响消化酶的正常分泌，进而影响食物的消化吸收等功能。胚胎发育过程中的各种内外因素都可能干扰胰腺的分化过程，如某些化学物质、病毒感染等环境因素，或者胚胎自身的基因调控异常等，都可能导致胰腺分化异常，引发先天性疾病。
环境因素
孕期感染：孕妇在孕期感染某些病毒等病原体可能影响胎儿胰腺的发育。例如，孕期感染风疹病毒等，可能通过胎盘影响胚胎胰腺的正常发育，增加胎儿出现胰腺先天性疾病的风险。不同孕期感染的影响程度可能不同，在胚胎胰腺发育的关键时期感染病原体，对胰腺发育的干扰作用可能更为显著。
孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触一些有害物质，如某些化学毒物、放射性物质等，也可能导致胎儿胰腺先天性疾病。例如，接触工业中的某些重金属污染物，可能通过影响胚胎细胞的正常发育过程，导致胰腺发育异常。不同生活方式的孕妇接触有害物质的概率不同，长期处于污染环境中的孕妇需要特别注意避免有害物质对胎儿胰腺发育的影响。
孕期营养因素：孕期孕妇营养状况异常也与胰腺先天性疾病的发生有关。如果孕期孕妇缺乏某些重要的营养物质，如叶酸等，可能影响胚胎细胞的分裂、分化等过程，进而影响胰腺的正常发育。不同年龄的孕妇对营养的需求和耐受情况不同，合理的孕期营养摄入对于胎儿胰腺正常发育至关重要，孕妇需要注意均衡饮食，保证各种营养物质的充足供应。
