胎儿泌尿系统畸形受遗传因素（单基因遗传病、染色体异常）、环境因素（孕期感染、药物、化学物质暴露）、孕妇自身疾病因素（糖尿病、高血压）、其他因素（孕期营养缺乏、不良生活方式）影响，如单基因遗传病使子代风险增，21-三体综合征常伴泌尿系统畸形，孕期风疹病毒等感染、不合理用药、接触化学物质、孕妇糖尿病、高血压、营养缺乏、不良生活方式等均可能导致胎儿泌尿系统畸形。
染色体异常
常见的如21-三体综合征（唐氏综合征）等染色体数目异常疾病，胎儿除了有智力发育迟缓、特殊面容等表现外，还常伴有泌尿系统畸形，约50%的21-三体综合征胎儿存在泌尿系统畸形，包括肾盂积水、肾发育不良等。染色体结构异常如染色体缺失、易位等也可能影响泌尿系统的正常发育，导致畸形发生。
环境因素
孕期感染
孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒，在妊娠早期感染风疹病毒可引起胎儿多系统发育异常，包括泌尿系统畸形，如先天性白内障、心脏畸形以及泌尿系统的输尿管畸形等。研究显示，孕期风疹病毒感染的孕妇所生胎儿泌尿系统畸形的发生率明显高于未感染孕妇。另外，巨细胞病毒感染也是一个重要因素，孕妇感染巨细胞病毒后，病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿泌尿系统的正常分化和发育，导致肾盂扩张、肾实质发育不良等畸形。
药物因素
孕妇在孕期不合理使用某些药物也可能导致胎儿泌尿系统畸形。例如，孕期长期或不当使用某些抗肿瘤药物、抗癫痫药物等。以丙戊酸为例，有研究表明孕妇在妊娠早期使用丙戊酸治疗癫痫，胎儿发生泌尿系统畸形的风险较未使用该药物的孕妇有所增加，可能影响胎儿肾脏的形态和功能发育。
化学物质暴露
孕妇接触某些化学物质，如工业污染中的重金属（铅、汞等）、有机溶剂等。长期接触铅的孕妇，铅可通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿泌尿系统的正常发育过程，增加胎儿出现尿道下裂等泌尿系统畸形的风险。有机溶剂如苯等，也被发现与胎儿泌尿系统畸形的发生相关，可能影响胎儿肾脏的细胞分化和器官形成。
孕妇自身疾病因素
糖尿病
孕妇患有糖尿病，尤其是未控制良好的妊娠期糖尿病或孕前糖尿病，会增加胎儿泌尿系统畸形的发生风险。高血糖环境可影响胎儿的代谢和发育，导致肾脏等器官的发育异常。研究发现，糖尿病孕妇所生胎儿发生肾盂积水、肾畸形等泌尿系统畸形的概率高于正常孕妇。其机制可能与高血糖引起的胎儿体内代谢紊乱，影响泌尿系统的正常分化和血管形成等有关。
高血压
孕妇患有高血压，如慢性高血压或妊娠期高血压疾病，也可能对胎儿泌尿系统产生不良影响。高血压可导致胎盘血流灌注不足，影响胎儿肾脏的血液供应，进而影响肾脏的正常发育，增加胎儿出现肾发育不良、输尿管畸形等泌尿系统畸形的可能性。
其他因素
孕期营养缺乏
孕妇孕期严重缺乏某些营养物质，如叶酸缺乏。叶酸在胎儿神经管和泌尿系统等器官的发育中起着重要作用，孕期叶酸缺乏可导致胎儿泌尿系统畸形，如输尿管肾盂连接部梗阻等。研究表明，孕妇叶酸摄入不足的情况下，胎儿泌尿系统畸形的发生率明显升高。另外，维生素A缺乏也可能影响胎儿泌尿系统的发育，维生素A参与细胞的分化和器官的形成，缺乏时可能导致肾脏等器官的发育异常。
不良生活方式
孕妇长期吸烟、酗酒也与胎儿泌尿系统畸形相关。吸烟产生的尼古丁等有害物质可通过胎盘影响胎儿的血液循环和发育，导致泌尿系统血管发育异常，增加胎儿出现肾脏畸形的风险。酗酒则可能使胎儿处于慢性酒精暴露环境中，影响肾脏的正常结构和功能发育，增加胎儿泌尿系统畸形的发生概率。
