房间隔缺损的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关，遗传方面有家族遗传倾向；环境因素包括母亲孕期感染、接触有害物质、不良生活习惯；其他因素涉及胚胎发育异常、母亲年龄、性别等，这些因素综合作用导致房间隔缺损。
环境因素
母亲孕期感染：母亲在妊娠早期如果感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可能通过胎盘影响胎儿心脏的发育，导致房间隔缺损等心脏结构畸形。研究表明，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿发生房间隔缺损的几率明显高于未感染的孕妇。
孕期接触有害物质：母亲在孕期接触某些有害物质，如放射线、某些化学毒物（如农药、工业化学制剂等），也可能影响胎儿心脏的正常发育，增加房间隔缺损的发生风险。例如，长期处于高浓度放射线环境中的孕妇，胎儿出现心脏畸形包括房间隔缺损的可能性增大。
孕期不良生活习惯：孕妇孕期吸烟、酗酒等不良生活习惯也可能对胎儿心脏发育产生不利影响。吸烟产生的尼古丁等有害物质以及酗酒导致的酒精成分，会干扰胎儿心脏的正常形成过程，使得房间隔缺损等心脏结构异常的发生几率增加。
其他因素
胚胎发育异常：在胚胎发育的早期阶段，心脏的发育过程非常复杂，任何影响心脏胚胎发育的因素都可能导致房间隔缺损。比如，胚胎时期心脏内膜垫发育异常、心内膜发育缺陷等情况，都可能干扰房间隔的正常形成，从而引发房间隔缺损。
年龄因素：母亲的年龄也是一个相关因素，高龄孕妇（年龄大于35岁）生育的胎儿患房间隔缺损等先天性心脏病的风险相对较高。这可能与高龄孕妇身体机能下降，卵子质量等发生变化，影响胚胎发育有关。
性别因素：一般来说，女性胎儿患房间隔缺损的概率相对男性胎儿可能略有不同，但总体差异不是特别显著，不过在统计数据中也能发现一定的性别相关倾向，但这不是绝对的决定因素，心脏发育的异常更多是多种因素综合作用的结果。
