卵巢冠囊肿的形成原因包括胚胎遗留组织形成，源于胚胎时期中肾管或副中肾管遗留组织；炎症刺激，盆腔内慢性炎症使局部腺管堵塞、分泌物潴留形成囊肿；内分泌因素，体内激素水平异常变化刺激卵巢冠组织促使囊肿形成；先天发育异常，胚胎发育初始阶段生殖系统先天结构发育偏差致局部易形成囊肿样结构。
炎症刺激
慢性炎症刺激是卵巢冠囊肿的一个重要原因。盆腔内的慢性炎症，如盆腔炎等，长期的炎症反应会导致输卵管、卵巢周围的组织发生改变，影响到卵巢冠部位的组织结构，使得局部的腺管堵塞，分泌物潴留，进而形成囊肿。例如，女性若有不洁性生活史、多次宫腔操作史等，容易引发盆腔炎症，长期炎症刺激就增加了卵巢冠囊肿的发生风险。不同年龄的女性都可能因炎症刺激患病，年轻女性性生活活跃相对更易接触病原菌引发炎症，而中老年女性若有既往盆腔炎症未彻底治愈的情况也会面临风险。
内分泌因素
内分泌紊乱可能与卵巢冠囊肿的形成有关。体内激素水平的异常变化，会影响到生殖系统的正常功能。例如雌激素水平过高，可能会对卵巢冠部位的组织产生刺激，导致组织增生、腺管分泌异常等，从而促使囊肿形成。女性在不同生理时期，如青春期、育龄期、围绝经期等，体内激素水平波动较大，若激素调节失衡，就容易出现内分泌紊乱相关的卵巢冠囊肿问题。青春期女性内分泌系统尚不稳定，育龄期女性受月经周期、妊娠等因素影响，围绝经期女性激素水平急剧变化，这些时期都可能因内分泌因素引发卵巢冠囊肿。
先天发育异常
先天发育异常也是卵巢冠囊肿的原因之一。在胚胎发育初始阶段，生殖系统的先天结构发育出现偏差，导致卵巢冠部位的组织结构存在先天性的异常，使得局部容易形成囊肿样结构。这种先天发育异常可能与遗传因素、胚胎早期受外界不良因素影响等有关。有家族遗传倾向的女性，其后代发生先天发育异常相关卵巢冠囊肿的概率可能相对较高；胚胎早期接触辐射、化学物质等不良因素，也可能干扰正常发育引发此类囊肿。
