疱疹性咽峡炎的治疗包括一般治疗（休息隔离、饮食调整）、对症治疗（退热、缓解咽痛）、抗病毒治疗（多数自限性可不常规用，特殊情况用干扰素等）及特殊人群注意事项（婴幼儿密切观察病情等、儿童监督服药等、免疫力低下人群加强监测调整方案）。
饮食调整：给予清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、稀粥、果汁等，避免食用辛辣、刺激性、过烫的食物，以免刺激咽部，加重疼痛。对于婴幼儿，要注意喂养方式，少量多次进食，保证营养摄入，维持水电解质平衡。
对症治疗
退热：若患儿体温超过38.5℃，且有发热相关不适，可采用物理降温，如温水擦浴（擦拭颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富部位），水温一般为32-34℃，每次擦拭时间10-15分钟；也可使用退热贴等。当物理降温效果不佳时，可遵医嘱使用退热药物，但需注意儿童用药的年龄禁忌等，避免使用不适合儿童的退热成分药物。
缓解咽痛：可让患儿含服冰硼散等药物缓解咽部疼痛，但要注意操作安全，避免儿童误吞。对于年龄较小的患儿，可通过多喝温水来缓解咽部不适。
抗病毒治疗
常用药物：目前对于疱疹性咽峡炎，若为肠道病毒感染引起，一般为自限性疾病，多数情况下不需要常规使用抗病毒药物。但对于重症患儿或有特殊情况的患儿，可在医生评估后使用抗病毒药物，如干扰素等，干扰素具有抗病毒、免疫调节等作用，可通过雾化等方式给药。
特殊人群注意事项
婴幼儿：婴幼儿免疫系统尚未发育完善，患疱疹性咽峡炎时病情变化可能较快，要密切观察体温、精神状态、进食情况等。一旦出现精神萎靡、持续高热不退、频繁呕吐等情况，需及时就医。同时，在护理方面要更加细致，保持口腔清洁，可在进食后用生理盐水漱口。
儿童：儿童在患病期间要注意休息，家长要监督其按时服药（若有用药情况），避免儿童用手搔抓咽部，防止继发细菌感染。同时，要注意儿童的心理状态，给予关心和安抚，让儿童积极配合治疗。
免疫力低下人群：如患有先天性免疫缺陷病等免疫力低下的儿童，患疱疹性咽峡炎后病情可能更严重，治疗过程中要加强监测，根据病情调整治疗方案，可能需要更积极的支持治疗和抗病毒治疗等。
