持续性输卵管妊娠的发生与多种因素有关，包括输卵管因素（输卵管炎症、输卵管手术史）、受精卵游走因素、辅助生殖技术因素以及其他因素（输卵管发育不良或功能异常、子宫肌瘤或卵巢肿瘤压迫），这些因素会影响受精卵的运行或着床位置，增加持续性输卵管妊娠的发生几率。
输卵管手术史：曾行输卵管绝育术、输卵管复通术等输卵管手术的女性，输卵管的结构和功能可能受到影响，受精卵在通过输卵管时容易发生异常着床，从而增加持续性输卵管妊娠的发生几率。比如，输卵管绝育术后复通失败的女性，其输卵管的解剖和生理状态改变，导致受精卵运行受阻，更易出现持续性输卵管妊娠。
受精卵游走因素
受精卵在一侧输卵管受精后，经宫腔或腹腔进入对侧输卵管，由于受精卵移行时间过长，发育增大，使受精卵在对侧输卵管内着床，进而可能引发持续性输卵管妊娠。例如，正常情况下受精卵应在合适时间到达宫腔着床，但如果受精卵游走时间延长，就可能导致在输卵管内着床位置异常，增加持续性输卵管妊娠的发生可能。
辅助生殖技术因素
在辅助生殖过程中，胚胎移植的操作、促排卵药物的使用等都可能影响输卵管的功能和受精卵的着床位置。比如，体外受精-胚胎移植（IVF-ET）后，胚胎着床位置异常的风险增加，其中输卵管妊娠的发生率虽较自然受孕低，但持续性输卵管妊娠的发生也有一定几率，相关研究表明，辅助生殖技术相关的持续性输卵管妊娠有其特定的发生机制，与胚胎移植时的输卵管环境等多种因素有关。
其他因素
输卵管发育不良或功能异常：输卵管过长、肌层发育差、黏膜纤毛缺乏等输卵管发育不良情况，会影响受精卵的正常运行。此外，内分泌失调、精神紧张等因素可能影响输卵管的蠕动和纤毛摆动功能，导致受精卵运行受阻，增加持续性输卵管妊娠的发生风险。例如，长期精神压力过大的女性，其内分泌和输卵管功能可能受到不良影响，使得受精卵着床位置异常的可能性增加。
子宫肌瘤或卵巢肿瘤压迫：子宫肌瘤或卵巢肿瘤可压迫输卵管，影响输卵管管腔的通畅性，使受精卵运行受阻，从而增加持续性输卵管妊娠的发生几率。比如，较大的子宫肌瘤可能压迫输卵管，导致输卵管管腔狭窄，受精卵通过困难，容易在输卵管内着床并发展为持续性输卵管妊娠。
