肺部真菌感染有多种症状，呼吸系统症状包括咳嗽、咳痰、发热、呼吸困难，全身症状有乏力、消瘦，还可能有胸痛、咯血等其他伴随症状，不同人群表现有一定差异，如儿童咳嗽易伴喘息等，老年人易出现呼吸困难且进展快，免疫抑制患者发热更难控制等。
咳嗽：可为刺激性干咳，也可伴有少量白痰或黏痰，部分患者咳嗽较为顽固，持续时间较长，不同年龄、性别患者表现可能无明显差异，但儿童由于气道较窄，剧烈咳嗽可能更易引起喘息等表现。例如在一项针对不同年龄段肺部真菌感染患者的研究中发现，各年龄段均有咳嗽症状出现，儿童患者咳嗽时可能因气道受限出现呼吸急促等伴随表现。
咳痰：痰的性状多样，可为白色黏液痰，若合并细菌感染可能变为黄色脓痰，免疫功能低下人群如长期使用免疫抑制剂的患者，肺部真菌感染时咳痰可能更为黏稠，不易咳出。
发热：多数患者会出现发热，体温可呈不同程度升高，可为低热（体温在37.3-38℃），也可为高热（体温超过38.5℃）。免疫功能正常人群发生肺部真菌感染时，发热症状相对可能较有规律，而免疫抑制患者如恶性肿瘤化疗患者，发热可能更为反复且不易控制，这与患者自身免疫状态密切相关，免疫功能越差，发热可能越难以通过常规治疗迅速缓解。
呼吸困难：病情较重时可出现呼吸困难，表现为呼吸频率增快、气促，严重者可出现发绀。老年人由于肺功能本身有一定减退，肺部真菌感染时更容易出现呼吸困难，且可能进展较快，需要密切关注其呼吸状况变化。
全身症状
乏力：患者常感全身疲倦、乏力，活动耐力下降。无论是青年、中年还是老年患者，肺部真菌感染时都可能出现不同程度的乏力，这与机体处于感染状态，能量消耗增加以及炎症反应等因素有关。
消瘦：病情持续时间较长时，部分患者可出现体重下降、消瘦。尤其是本身营养状况不佳，或者基础疾病较多的患者，如合并糖尿病的肺部真菌感染患者，由于机体代谢紊乱等因素，消瘦可能更为明显。
其他伴随症状
胸痛：部分患者可出现胸痛，疼痛性质可为隐痛、刺痛或牵拉痛等。当肺部真菌感染累及胸膜时，更易出现胸痛症状，不同性别患者胸痛感受可能因个体差异有所不同，但总体与病变累及胸膜的范围等相关。
咯血：少数患者可出现咯血，咯血量可多可少，少量咯血表现为痰中带血，大量咯血较少见，但一旦出现需高度重视，可能提示病变侵犯血管等情况。儿童肺部真菌感染时咯血相对较少见，但一旦发生需及时评估病情严重程度。
