附件囊肿的成因包括生理性因素（卵泡囊肿、黄体囊肿）、病理性因素（炎症性因素如盆腔炎性疾病、结核性盆腔炎，子宫内膜异位症，肿瘤性因素如卵巢上皮性肿瘤、生殖细胞肿瘤、性索间质肿瘤）以及其他因素（内分泌因素、生活方式因素、遗传因素）。
黄体囊肿：黄体形成过程中，黄体血肿液化形成囊肿，若黄体囊肿直径较小，可能无明显症状，部分女性在月经后半期可能出现，一般也可自行消退，育龄期女性较易发生。
病理性因素
炎症性因素
盆腔炎性疾病：盆腔内的附件因炎症刺激，可导致组织增生、包裹形成囊肿，多有下腹部疼痛、阴道分泌物增多等表现，常见于有不洁性生活史、多次宫腔操作史的女性，炎症长期刺激附件组织，使局部组织发生病理改变形成囊肿。
结核性盆腔炎：由结核分枝杆菌感染引起，结核菌可累及附件，导致附件出现炎性包块，进而形成囊肿，患者可能有低热、盗汗、乏力等全身症状，有结核病史或密切接触结核患者的人群易患。
子宫内膜异位症：具有活性的子宫内膜细胞种植在附件部位，随着月经周期反复出血，形成囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿），患者多有进行性加重的痛经、不孕等表现，育龄期女性高发，尤其是有经期剧烈运动、经期性生活等不良生活方式的女性，子宫内膜组织容易异位种植。
肿瘤性因素
卵巢上皮性肿瘤：包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等良性肿瘤，以及浆液性囊腺癌、黏液性囊腺癌等恶性肿瘤，发病可能与遗传因素、长期的内分泌紊乱等有关，有家族肿瘤遗传史的女性风险相对较高，长期服用某些激素类药物也可能增加发病风险。
生殖细胞肿瘤：好发于青少年及儿童，其中成熟畸胎瘤较为常见，是来源于生殖细胞的肿瘤，可能与胚胎发育过程中生殖细胞异常分化有关。
性索间质肿瘤：如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等，发病原因尚不十分明确，可能与内分泌失调等因素相关。
其他因素
内分泌因素：长期的内分泌紊乱，如雌激素水平过高，可能影响附件组织的代谢和生长，增加附件囊肿形成的风险，常见于长期服用含有雌激素的保健品、使用雌激素类药物不当的女性，内分泌失调导致体内激素平衡被打破，促使附件组织发生异常变化。
生活方式因素：长期熬夜、精神压力过大等不良生活方式可能影响机体的内分泌调节功能，进而影响附件的正常生理状态，增加附件囊肿发生的可能性，现代社会中工作压力大、生活不规律的人群更易出现这种情况。
遗传因素：某些附件囊肿的发生与遗传因素有关，如有卵巢癌家族史的女性，患附件囊肿尤其是恶性囊肿的风险相对增加，遗传基因可能使个体对附件组织病变的易感性提高。
