手足口病好了后一般较少有后遗症，但少数严重病例可能遗留一些问题，包括神经系统方面年长儿童及成人极罕见轻微后遗症、婴幼儿可能出现运动功能障碍；呼吸系统方面极少数遗留轻度肺功能异常；心血管系统方面个别出现轻微心肌损害后遗症，特殊人群中婴幼儿要密切关注运动发育等并尽早干预，年长儿童和成人也要长期监测身体状况及保持健康生活方式。
年长儿童及成人：极少数重症手足口病患儿可能在神经系统方面留下一些轻微后遗症，如轻微的行为改变、学习能力轻度下降等，但这种情况非常罕见。从临床研究来看，大部分神经系统受累较轻的患儿经过积极治疗和康复后能恢复如常。对于年长儿童，神经系统的代偿能力相对较强，只要早期的神经系统损伤不严重，后续通过适当的康复训练等有可能逐渐改善。
婴幼儿：婴幼儿的神经系统仍在发育中，若重症手足口病导致较严重的神经系统损伤，可能出现运动功能障碍，如肢体肌肉力量减弱、运动协调性差等。例如个别患儿可能会出现单侧或双侧肢体活动不灵活，这与病毒侵犯中枢神经系统，影响神经传导和运动神经元有关。由于婴幼儿处于生长发育阶段，部分运动功能障碍可能随着年龄增长有一定程度的改善，但需要长期的康复干预来促进恢复。
呼吸系统方面：
重症手足口病累及呼吸系统的患儿，极少数可能遗留轻度的肺功能异常，如肺通气功能轻度下降等。从临床随访观察发现，这类患儿在病情恢复后，进行肺功能检查时可能会发现一秒钟用力呼气容积（FEV）等指标较正常儿童稍有降低，但一般对日常生活影响不大。对于儿童来说，肺功能有一定的自我修复和代偿能力，不过仍需要定期监测肺功能变化，尤其在有呼吸道感染等情况时要更加注意。
心血管系统方面：
个别重症手足口病患儿可能出现心血管系统的轻微后遗症，如心肌损害恢复后遗留轻度的心肌收缩力减弱等，但这种情况极为少见。通过心脏超声等检查可能发现心肌收缩功能较正常儿童稍有降低。对于儿童的心血管系统，其自身的调节和修复能力也在起作用，不过也需要关注患儿的心脏功能变化，在日常生活中避免过度劳累等加重心脏负担的情况。
特殊人群注意事项
婴幼儿：由于婴幼儿身体各系统发育尚未成熟，在手足口病患病及恢复过程中更应密切关注。若患病后恢复，要注意观察其运动发育情况、精神状态等。如果发现婴幼儿肢体活动较同龄儿落后，应尽早带其到康复科进行评估和干预，因为婴幼儿的神经发育可塑性较强，早期干预有助于更好地恢复。
年长儿童和成人：年长儿童和成人相对来说后遗症发生几率更低，但也不能完全放松警惕。在手足口病恢复后，仍要注意自身身体状况的长期监测，如有任何不适症状持续不缓解，如长期的头痛、肢体麻木等，应及时就医进行相关检查，以便早期发现可能存在的潜在问题并进行处理。同时，保持健康的生活方式，如合理饮食、适量运动等，有助于身体的整体恢复和健康维护。
