亚急性细菌性心内膜炎有多种症状，全身性感染症状包括发热（最常见，多数持续低热，婴幼儿可能体温不升等）、乏力盗汗；心脏相关症状有心脏杂音（几乎所有患者可闻及，原有杂音可能改变）、心力衰竭（常见并发症，可致呼吸困难、水肿等，儿童表现不同）；栓塞症状有脑栓塞（致神经症状）、肾栓塞（腰痛、血尿）、肺栓塞（胸痛、咯血、呼吸困难）；其他症状有皮肤黏膜表现（瘀点、Osler结节、Janeway损害，儿童表现可能不典型）、脾大（约15%-50%患者出现，轻至中度肿大，质地软，有压痛）。
发热：是最常见的症状，多数患者有持续发热，体温一般在37.5~39℃之间，呈弛张性低热，也可呈间歇性或不规则发热。年龄较小的儿童可能体温波动更为明显，婴幼儿可能表现为体温不升或伴有烦躁、哭闹等表现。这是因为细菌在心内膜表面繁殖，引发机体的免疫反应，从而导致发热。例如，相关研究发现，约80%~85%的患者会出现发热症状。
乏力、盗汗：患者常感到全身乏力，活动耐力下降，夜间睡眠时容易盗汗。这是由于感染引起机体消耗增加，代谢紊乱所致。儿童患者可能会表现出精神萎靡、不愿活动等情况。
心脏相关症状
心脏杂音：几乎所有患者均可闻及心脏杂音，可由基础心脏病和（或）心内膜炎导致的瓣膜损害引起。原有的心脏病理性杂音可能会因赘生物的形成而发生变化，出现杂音性质的改变，如杂音变得粗糙、响亮等。例如，风湿性心脏病患者并发亚急性细菌性心内膜炎时，原本的二尖瓣或主动脉瓣杂音可能会发生改变。
心力衰竭：是较常见的并发症，尤其在病情较重或未能及时治疗的患者中易出现。由于心瓣膜受损，心脏的泵血功能受到影响，可出现呼吸困难、水肿等表现。左心衰竭时患者会出现劳力性呼吸困难、端坐呼吸等；右心衰竭时可表现为体循环淤血，如肝大、下肢水肿等。儿童患者发生心力衰竭时，可能会出现喂养困难、呼吸急促、心率加快等情况，且症状可能进展较快。
栓塞症状
脑栓塞：可引起头痛、呕吐、偏瘫、失语、意识障碍等神经系统症状。栓子来源于心内膜上的赘生物，当赘生物脱落随血流进入脑动脉时，会导致脑血管阻塞。不同部位的脑栓塞会引起相应的神经功能缺损表现，比如栓塞在大脑中动脉可导致对侧肢体瘫痪等。
肾栓塞：表现为腰痛、血尿等。肾动脉栓塞会影响肾脏的血液供应，导致肾脏功能受损，出现相应的泌尿系统症状。
肺栓塞：常见症状有胸痛、咯血、呼吸困难等。栓子进入肺动脉引起肺栓塞，会影响肺的通气和换气功能。
其他症状
皮肤黏膜表现：部分患者可出现瘀点，多见于皮肤、口腔黏膜、睑结膜等部位，呈鲜红色，直径1~2mm，压之不褪色，常为微血管炎或微栓塞所致。还可能出现Osler结节，为指（趾）垫出现的豌豆大的红或紫色痛性结节，多见于亚急性患者，是免疫复合物在皮下的表现。Janeway损害为手掌和足底处直径1~4mm无痛性出血红斑，主要见于急性患者。儿童患者皮肤黏膜表现可能不如成人典型，但也可能出现类似瘀点等表现。
脾大：约15%~50%的患者可出现脾大，一般为轻至中度肿大，质地柔软，可有压痛。这是由于感染引起脾充血及单核-巨噬细胞增生所致。
