卵巢巧克力囊肿的原因是经血逆流种植、免疫因素影响、生殖细胞转化、激素的影响等。
1.经血逆流种植
在正常情况下，女性的经血会通过输卵管流入盆腔，但由于某些原因，例如先天性的输卵管狭窄等情况，使得经血中的子宫内膜碎片不能顺利通过输卵管排出，而是逆流至盆腔。女性的月经周期中，子宫内膜会周期性地增生、脱落，当经血逆流时，子宫内膜碎片就可能种植在卵巢表面等部位。有研究表明，在青春期女性中，由于生殖系统还未完全发育成熟，经血逆流的情况相对较为常见，这也是青春期女性卵巢巧克力囊肿发病的一个潜在因素。
2.免疫因素影响
人体自身的免疫系统在防止子宫内膜异位种植方面起着重要作用。如果免疫系统存在缺陷，例如一些免疫球蛋白水平异常等情况，就会使得逆流到盆腔的子宫内膜碎片难以被及时清除，从而增加了在卵巢表面种植的机会。在一些有家族遗传倾向的女性中，可能存在免疫系统相关的基因变异，导致其免疫系统对子宫内膜碎片的识别和清除能力下降，进而更容易引发卵巢巧克力囊肿。
3.生殖细胞转化
卵巢表面的体腔上皮具有多向分化的潜能，在某些因素的刺激下，例如长期的炎症刺激等，原始体腔上皮可能会向子宫内膜样组织转化。这种转化过程涉及到一系列的细胞信号传导通路的改变，例如一些生长因子的异常表达等。在一些患有慢性盆腔炎的女性中，由于盆腔长期受到炎症的刺激，卵巢表面的体腔上皮更容易发生化生，进而发展为卵巢巧克力囊肿。
4.激素的影响
女性体内的激素水平对体腔上皮的化生也有重要影响。雌激素可以促进子宫内膜样组织的生长，而孕激素则有一定的抑制作用。当女性体内激素平衡失调时，例如雌激素水平相对过高，孕激素水平相对不足时，就会使得体腔上皮化生为子宫内膜样组织的过程更容易发生。在围绝经期女性中，由于激素水平的波动较大，卵巢巧克力囊肿的发病风险可能会增加。
另外，子宫内膜细胞还可以通过血液循环到达卵巢。例如，女性的子宫静脉与卵巢静脉之间有交通支，子宫内膜细胞可以随着血液循环进入卵巢静脉，从而种植在卵巢组织中。在一些患有子宫肌瘤等子宫疾病的女性中，由于子宫静脉压力的改变等因素，使得子宫内膜细胞更容易通过血液循环播散到卵巢，增加了卵巢巧克力囊肿的发病风险。
