胃窦糜烂是否会癌变不能一概而论，受病因、个体差异、病情程度及随访情况等因素影响，大部分单纯胃窦糜烂去除病因规范治疗可愈合，不会癌变，但需重视并遵医嘱监测，特殊人群更要严格遵循。
相关因素影响癌变概率：
病因方面：如果胃窦糜烂是由幽门螺杆菌（Hp）感染引起，据研究，Hp感染人群中发生胃窦糜烂后癌变的风险会较无Hp感染导致胃窦糜烂的人群有所升高。例如长期Hp感染，细菌产生的毒素等因素持续刺激胃窦黏膜，破坏黏膜屏障，使细胞异常增殖的风险增加。而如果是由药物（如非甾体类抗炎药）、不良生活习惯（长期大量饮酒、吸烟）等引起的胃窦糜烂，在积极去除这些诱因后，癌变风险相对较低，但也需要密切监测。
个体差异方面：不同个体的基因背景等存在差异，有些人群可能本身存在一些与癌变相关的基因易感性，那么在胃窦糜烂的情况下，发生癌变的可能性也会不同。比如有家族性腺瘤性息肉病等遗传易感性疾病的患者，若合并胃窦糜烂，癌变风险会比普通人群高。
病情程度及随访情况：胃窦糜烂程度较轻，经过规范治疗后好转的，癌变风险小；但如果胃窦糜烂持续存在，糜烂面积逐渐扩大，或者伴有肠上皮化生、异型增生等情况时，癌变风险明显增加。而且定期进行胃镜随访，及时发现病情变化并干预的患者，能更早发现可能出现的癌变倾向并处理，反之则可能延误病情。
一般转归与监测：大部分单纯的胃窦糜烂在去除病因并进行规范治疗后可以愈合，不会发展为癌。但需要患者重视，比如感染Hp的要进行规范的抗Hp治疗，停止服用损伤胃黏膜的药物，改变不良生活习惯等。同时要按照医生建议定期进行胃镜检查等监测，以便早期发现可能出现的癌变迹象。对于特殊人群，如老年人，本身各器官功能有所减退，对疾病的耐受等情况不同，更要严格遵循医嘱进行监测和治疗；儿童发生胃窦糜烂相对较少见，多与感染等因素相关，一旦发现需积极查找病因并规范处理，因为儿童处于生长发育阶段，及时干预对预后影响较大。
