临床需从临床症状观察、病史询问、实验室检查来诊断扁平疣。临床症状上扁平疣好发于青少年，多在颜面等部位，有特定皮疹表现；病史询问要问接触史及既往病史；实验室检查包括组织病理学检查可见表皮空泡化，还有HPV-DNA检测可明确相关亚型感染，不同年龄、性别患者检查有细节差异但本质一致。
病史询问
接触史：询问患者是否有与扁平疣患者密切接触的历史，因为扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的传染性疾病，主要通过直接接触传染，也可通过间接接触（如共用毛巾等）传染。对于有不良生活方式（如经常在公共浴室等场所活动）的人群，感染风险相对较高。比如经常去公共泳池游泳的人，若泳池卫生条件不佳且有扁平疣患者使用过相关设施，就增加了感染几率。
既往病史：了解患者既往是否有其他病毒感染性疾病，以及免疫系统功能情况。例如患有免疫缺陷疾病的患者，如艾滋病患者，由于机体免疫力低下，更容易感染扁平疣且病情可能相对较重、难以治愈。不同年龄人群的既往病史特点不同，儿童既往病史相对简单，多以是否有过发热、出疹等常见儿童疾病为主；成年人既往病史可能涉及一些慢性疾病等。
实验室检查
组织病理学检查：取病变皮肤组织进行病理检查是确诊扁平疣的重要方法。通过显微镜观察可见表皮角化过度，颗粒层和棘层上部细胞出现空泡化。空泡化细胞的核位于中央，大而圆，染色深，周围有透亮的晕。不同年龄患者的组织病理学表现基本一致，但儿童患者皮肤组织相对较薄，在取材和观察时需更加精细操作。
HPV-DNA检测：利用分子生物学技术检测病变组织中的HPV-DNA，可明确是否为扁平疣相关的HPV亚型感染。例如通过PCR等方法检测，可以准确判断感染的HPV类型，如常见的HPV-3、HPV-5等亚型与扁平疣相关。对于不同性别、年龄的患者，该检测的操作流程和结果判读并无本质区别，但在儿童患者中，由于其配合度等问题，可能需要更温和的操作方式以减少患儿的不适。
