淋病由淋病奈瑟菌即革兰阴性双球菌引起，男性感染现尿道脓性分泌物等急性尿道炎症状、女性有宫颈炎等，主要性接触传播等，及时规范治疗多数可愈，不及时有并发症；HPV为DNA病毒分多种亚型，低危引生殖器疣，高危持续感染可致宫颈病变等，主要性接触传播等，低危疣易复发，高危是宫颈癌重要危险因素。
一、病原体差异
淋病是由淋病奈瑟菌引起的性传播疾病，淋病奈瑟菌是一种革兰阴性双球菌；而HPV是人类乳头瘤病毒，属于DNA病毒，有多种亚型，不同亚型的HPV引发的临床症状及健康影响不同。
二、临床表现差异
淋病：男性感染后多出现尿道脓性分泌物、尿频、尿急、尿痛等急性尿道炎症状，严重时可累及附睾、前列腺等部位；女性感染后可表现为宫颈炎，出现阴道分泌物增多、异常阴道出血等，也可能累及尿道出现尿道炎症表现。
HPV感染：低危型HPV感染可引起生殖器疣，如在外生殖器部位出现菜花状、乳头状等赘生物；高危型HPV持续感染可能无明显早期症状，但长期发展可能导致宫颈上皮内瘤变甚至宫颈癌等，出现阴道不规则出血、阴道排液等症状（与宫颈癌进展阶段相关）。
三、传播途径差异
淋病：主要通过性接触传播，此外，新生儿可通过患淋病母亲的产道感染引起淋菌性结膜炎，还可通过接触被污染的衣物、毛巾等间接传播，但相对性接触传播概率较低。
HPV感染：主要通过性接触传播，也存在母婴传播途径，即胎儿在通过感染HPV的母亲产道时可能被感染，另外，皮肤黏膜密切接触也可能导致HPV传播。
四、对健康的影响差异
淋病：及时规范治疗后多数可治愈，但若未及时治疗可引起附睾炎、盆腔炎等并发症，影响生殖系统功能，甚至导致不孕不育等问题。
HPV感染：低危型HPV感染引起的生殖器疣虽可通过治疗去除病变，但易复发；高危型HPV持续感染是引发宫颈癌等恶性肿瘤的重要危险因素，严重威胁女性（及少数男性）的健康，不同年龄、免疫状态等因素会影响HPV感染后的转归，例如免疫力低下人群更易出现HPV持续感染及相关病变进展风险增加。
