男性感染人乳头瘤病毒早期症状多样，低危型HPV感染可致生殖器部位出现疣状病变，高危型HPV感染早期可能无明显可见皮损但长期感染有患癌风险，累及尿道会有尿道瘙痒、灼痛、分泌物增多、排尿不适等，部分男性无明显局部症状但具传染性，且不同个体因免疫状态和生活方式不同症状表现有差异。
生殖器部位皮损
低危型HPV感染：比如感染低危型HPV6、11等，可能会在生殖器部位出现疣状病变，常见的如阴茎、阴囊、肛周等部位出现单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，逐渐增多、增大，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状等外观。这些疣体起初可能较小，不易被发现，随着时间推移会逐渐长大。例如，有研究显示低危型HPV引起的生殖器疣在男性中的发生率相对较低，但一旦出现就会在生殖器局部形成明显的异常增生物。
高危型HPV感染：部分高危型HPV感染早期可能生殖器部位并无明显可见的皮损，但长期高危型HPV持续感染可能增加患阴茎癌等恶性肿瘤的风险，不过早期一般没有特异性的外观改变，需要通过定期筛查来发现异常。
尿道相关症状
当HPV感染累及尿道时，可能会出现尿道瘙痒、灼痛等感觉，有的男性可能会发现尿道分泌物增多，但分泌物一般较稀薄。如果HPV感染引起尿道上皮的病变，还可能导致排尿不适，如排尿次数增多、排尿时尿道有梗阻感等，但这些症状往往不具有特异性，容易被忽视。比如一些男性可能将尿道瘙痒等症状归因于普通的尿道炎等，但实际上可能是HPV感染引起的尿道局部炎症反应。
其他潜在表现
部分男性感染HPV后可能没有明显的局部症状，但病毒已经在体内潜伏，具有传染性。而且不同个体的免疫状态不同，症状出现的时间和表现也会有差异。年轻男性由于免疫系统相对较为活跃，可能在感染后免疫清除病毒的能力较强，症状可能不明显或很快被清除；而年龄较大、免疫功能较弱的男性，感染后病毒持续存在的可能性更大，出现症状的概率相对较高。另外，有不洁性生活史等不良生活方式的男性，感染HPV的风险更高，且感染后早期症状可能更易被忽略，因为他们可能没有充分重视生殖健康方面的变化。
