慢性肠炎治疗是综合过程，药物治疗依类型选，感染性用抗生素等，炎症性肠病相关用氨基水杨酸制剂等，非药物干预很重要，饮食调整要避免刺激食物、选易消化营养食物，儿童饮食更需细软少量多餐，生活方式调整要休息、锻炼、保持心情舒畅，老年人要注意腹部保暖，治疗需医生精准诊断规范进行，目的是缓解症状、控制病情发展。
一、药物治疗方面
目前并没有某种药物能完全保证让慢性肠炎除根，但可以根据不同类型的慢性肠炎选择相应药物。
感染性慢性肠炎：如果是细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素，如黄连素等，不过需根据具体病原菌药敏情况来选择合适抗生素，但要注意儿童使用需谨慎评估。
炎症性肠病相关慢性肠炎：对于溃疡性结肠炎等炎症性肠病导致的慢性肠炎，可能会用到氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶等；如果病情较重，还可能用到糖皮质激素（如泼尼松）、免疫抑制剂（如硫唑嘌呤）等，但这些药物的使用都有严格的适应证和禁忌证，需在医生指导下根据个体情况应用。
二、非药物干预重要性
饮食调整：
一般人群：慢性肠炎患者需避免食用辛辣、油腻、刺激性食物以及生冷食物，如辣椒、油炸食品、冰淇淋等，这些食物会刺激肠道，加重肠道炎症。应选择易消化、富含营养的食物，如米粥、面条、蒸煮的蔬菜、瘦肉等。
儿童：儿童慢性肠炎时更要注意饮食，保证营养均衡的同时，食物需做得更细软，避免增加肠道消化负担，例如将蔬菜打成泥状、肉类剁成肉末等，并且要控制进食量，少量多餐。
生活方式调整：
一般人群：要注意休息，避免过度劳累，保持心情舒畅，因为精神压力过大也可能影响肠道功能。适度进行体育锻炼，如散步等，有助于增强体质，改善肠道功能。
特殊人群如老年人：老年人慢性肠炎时，除了上述生活方式调整外，还要特别注意保暖，尤其是腹部保暖，因为老年人胃肠功能相对较弱，腹部着凉易加重肠道不适。
慢性肠炎的治疗是一个综合过程，药物治疗需在医生精准诊断后根据具体病情选用，而非药物干预在整个治疗过程中起到至关重要的辅助作用，且不同年龄阶段、不同个体情况在治疗和干预时都有相应需要特别关注的点，最终目的是缓解症状、控制病情发展，而不是单纯追求“除根”，同时要在专业医生指导下进行规范的诊疗。
