嗜酸性粒细胞胃肠炎症状因病变累及部位不同而异，黏膜病变为主型表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道黏膜受累症状；肌层病变为主型出现幽门梗阻、肠梗阻等胃肠道梗阻症状；浆膜病变为主型有腹胀、腹痛及腹水相关表现，不同人群患病时症状可能有差异，如儿童可能体重不增，有过敏史或基础胃肠道疾病病史者症状有特点。
黏膜病变为主型：此型相对较为常见，主要表现为胃肠道黏膜受累相关症状。患者可出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。腹痛多为隐痛或绞痛，程度不一；腹泻可为稀水样便等。这是因为嗜酸性粒细胞浸润胃肠道黏膜，影响了胃肠道的正常消化和吸收功能以及运动功能。例如，有研究发现，在这类患者中，由于胃肠道黏膜受损，消化酶的分泌和作用受到影响，进而导致消化吸收障碍，引起腹泻等症状。
肌层病变为主型：病变累及胃肠道肌层时，主要表现为胃肠道梗阻症状。患者可出现幽门梗阻、肠梗阻等表现，如呕吐大量宿食（幽门梗阻时）、腹痛、腹胀、停止排气排便（肠梗阻时）等。这是由于嗜酸性粒细胞浸润肌层，导致胃肠道肌层增厚、僵硬，影响了胃肠道的蠕动和排空功能，从而引发梗阻症状。比如，当幽门肌层受到累及后，幽门括约肌功能失调，胃内容物排出受阻，就会出现呕吐宿食等表现。
浆膜病变为主型：病变累及胃肠道浆膜时，可出现腹水相关表现。患者可表现为腹胀、腹痛，腹腔穿刺可抽出腹水，腹水检查可见嗜酸性粒细胞增多。这是因为嗜酸性粒细胞浸润浆膜，导致浆膜的通透性增加，液体渗出增多，形成腹水。在一些病例中，通过对腹水的检测发现，其中嗜酸性粒细胞的比例明显高于正常腹水，这与浆膜受嗜酸性粒细胞浸润有关。
不同年龄、性别、生活方式和病史的人群患嗜酸性粒细胞胃肠炎时，症状可能有一定差异。例如，儿童患者可能在胃肠道症状基础上，由于生长发育受影响，出现体重不增等情况；女性患者在症状表现上与男性一般无特异性差异，但需要考虑到生理期等因素对症状感知的影响；有过敏史的人群可能更容易发生嗜酸性粒细胞胃肠炎，且症状可能相对更明显，因为其机体本身处于过敏相关的免疫激活状态，更容易出现嗜酸性粒细胞的异常浸润。对于有基础胃肠道疾病病史的人群，患嗜酸性粒细胞胃肠炎时，原有的胃肠道症状可能会加重或表现不典型，需要仔细鉴别诊断。
