食管静脉曲张主要由门静脉高压引起，门静脉高压的主要病因有肝硬化（包括酒精性肝硬化和病毒性肝炎后肝硬化）、门静脉血栓形成、布加综合征等，同时血管壁结构异常和血流动力学因素也与食管静脉曲张的血管结构及血流动力学改变相关。
酒精性肝硬化：长期大量饮酒可导致肝细胞损伤、纤维化，进而发展为肝硬化，使得门静脉血流受阻，压力升高，是引起食管静脉曲张的常见原因之一。大量饮酒（男性每日饮酒量相当于乙醇80g以上，持续10年以上；女性饮酒量减半）的人群发生肝硬化进而引发食管静脉曲张的风险显著增加。
病毒性肝炎后肝硬化：乙型肝炎病毒（HBV）、丙型肝炎病毒（HCV）感染后，病毒持续在肝细胞内复制，引起免疫炎症反应，逐步导致肝细胞坏死、纤维组织增生，最终发展为肝硬化。在我国，乙肝病毒感染是导致肝硬化和食管静脉曲张的重要因素，慢性乙肝患者若病情控制不佳，约有50%在10-20年内发展为肝硬化，其中部分会出现食管静脉曲张。
其他引起门静脉高压的疾病
门静脉血栓形成：各种原因导致门静脉内血栓形成，如腹腔感染、创伤、血液高凝状态等，可使门静脉血流受阻，压力升高，从而引发食管静脉曲张。例如，患有腹腔恶性肿瘤的患者，由于肿瘤细胞释放促凝物质，易导致血液高凝，增加门静脉血栓形成的风险，进而引起食管静脉曲张。
布加综合征：是由肝静脉或其开口以上的下腔静脉阻塞引起的门静脉高压症。主要是由于下腔静脉先天性发育异常、血栓形成、肿瘤压迫等原因导致肝静脉流出道受阻，门静脉回流障碍，压力升高，进而出现食管静脉曲张。
血管结构与血流动力学改变相关因素
血管壁结构异常
食管静脉本身的结构异常可能在门静脉高压时更容易发生曲张。例如，某些先天性血管发育异常的情况，可能使得食管静脉对压力变化更为敏感，在门静脉压力升高时更易出现扩张、迂曲形成静脉曲张。
血流动力学因素
当门静脉高压时，门静脉向肝血流减少，而食管静脉的侧支循环开放，以降低门静脉压力。此时食管静脉血流量增加，压力升高，导致食管静脉逐渐扩张、迂曲形成静脉曲张。例如，正常情况下门静脉血流顺利流入肝脏，当门静脉压力升高时，部分血液会通过食管胃底静脉等侧支循环回流，长期的高流量冲击使得食管静脉发生形态学改变，形成静脉曲张。
