肝前性门脉高压症是因门静脉主干及其主要属支阻塞致压力升高的疾病，常见原因有门静脉血栓形成（含原发性如先天性凝血因子异常、继发性如腹部感染、外伤、长期口服避孕药、恶性肿瘤等致血栓形成）、先天性门静脉狭窄或闭锁（胚胎发育异常致门静脉结构异常使血流受阻）、海绵状血管瘤样变（门静脉周围异常血管增生影响血流致压力升高）。
门静脉血栓形成
原发性因素：部分患者可能存在血液高凝状态相关的原发性因素，例如先天性凝血因子异常等情况，这种先天性的凝血机制问题会使血液更容易形成血栓，进而导致门静脉内血栓形成，引发肝前性门脉高压症。在不同年龄人群中都可能发生，若为先天性因素导致，可能从幼年时期就存在潜在风险，但往往在某些诱因下才会发病，比如身体处于应激状态等情况。
继发性因素：多种疾病或情况可引起继发性门静脉血栓形成。腹部感染性疾病，如阑尾炎、胰腺炎等，炎症刺激可能导致门静脉管壁损伤，同时炎症相关的病理过程会影响血液的正常流动和凝血状态，容易促使血栓形成；腹部外伤，尤其是涉及门静脉区域的外伤，会直接损伤血管，导致血管内皮受损，从而引发血栓形成；长期口服避孕药的女性，由于避孕药会影响体内的凝血-抗凝血平衡，使血液处于相对高凝状态，增加了门静脉血栓形成的风险；恶性肿瘤患者，肿瘤细胞可能释放一些物质促进凝血，或者肿瘤组织压迫门静脉等，都可能导致门静脉血栓形成。
先天性门静脉狭窄或闭锁
这是一种先天性的血管发育异常情况。在胚胎发育过程中，门静脉的发育出现异常，导致门静脉主干或其分支出现狭窄甚至闭锁。这种先天性的结构异常会使门静脉的血流受阻，从而引起门静脉压力升高，导致肝前性门脉高压症。一般在出生后就存在相关病理基础，但可能在儿童时期或成年后因门静脉血流逐渐增加等因素而出现相应的临床症状，不同性别在发病上无明显特殊差异，主要是由胚胎发育异常这一先天性因素决定。
海绵状血管瘤样变
门静脉周围可能出现异常的血管增生，形成类似海绵状的血管瘤样结构。这些异常增生的血管团会占据门静脉的空间，影响门静脉的正常血流，导致血流受阻，进而引起门静脉压力升高，引发肝前性门脉高压症。其具体的发病机制可能与胚胎发育过程中血管分化异常等因素有关，在不同年龄人群均可发生，性别差异不明显。
