新生儿腹泻可能由喂养相关因素（如母亲饮食辛辣油腻刺激或奶粉选择、冲调不当）、感染因素（病毒、细菌、真菌感染肠道）、消化系统发育不成熟、腹部受凉、乳糖不耐受及肠道菌群失调等引发，喂养相关会因母亲饮食或奶粉问题致泻，感染则有不同病菌感染肠道，消化功能弱对食物适应差，腹部着凉影响消化吸收，乳糖酶缺乏致乳糖不能消化，菌群失调影响肠道功能而致腹泻。
一、喂养相关因素
1.母乳喂养影响：若母亲饮食摄入辛辣、油腻、刺激性食物，这些成分可通过乳汁传递给新生儿，刺激其肠道，引发腹泻。例如，有研究表明母亲进食过多高脂食物后，母乳喂养儿出现腹泻的概率会增加。
2.人工喂养不适：奶粉选择不当可能导致新生儿腹泻，如奶粉过敏或不耐受，奶粉中的蛋白质等成分作为外来抗原，会引起新生儿肠道免疫反应，出现腹泻症状；此外，奶粉冲调不当（浓度不合适等）也可能影响新生儿肠道消化功能，导致腹泻。
二、感染因素
1.病毒感染：常见的如轮状病毒感染，多发生在秋冬季节，可引起新生儿急性胃肠炎，导致腹泻，大便多为水样或蛋花汤样。有临床研究显示轮状病毒感染患儿中约80%会出现持续腹泻症状。
2.细菌感染：大肠杆菌、沙门菌等细菌感染肠道后，会侵袭肠道黏膜，引起肠道炎症，导致腹泻，可能伴有发热、呕吐等症状。
3.真菌感染：长期使用抗生素等情况可能导致新生儿肠道菌群失调，继发真菌感染，引发腹泻，大便可呈豆腐渣样。
三、消化系统发育不成熟
新生儿胃肠道发育尚不完善，消化酶分泌不足，消化功能较弱，对食物的适应能力差。例如，对母乳或奶粉中的营养物质消化吸收不充分，容易出现腹泻，尤其在喂养量或种类变化时更易发生。
四、腹部受凉
新生儿腹部保暖不当，着凉后胃肠道蠕动加快，影响肠道正常的消化吸收功能，从而导致腹泻。这在季节更替时较为常见，因新生儿体温调节能力较弱，腹部易受外界温度变化影响。
五、乳糖不耐受
新生儿体内乳糖酶缺乏，不能完全消化母乳或奶粉中的乳糖，未被消化的乳糖在肠道内被肠道细菌发酵，产生气体，刺激肠道，引起腹泻，大便多为酸性且伴有泡沫。
六、肠道菌群失调
新生儿肠道菌群建立不完善，若受到抗生素使用、环境变化等外界因素影响，容易出现肠道菌群失衡，进而影响肠道正常的消化、吸收及屏障功能，引发腹泻。
