阴道囊肿的形成原因主要有胚胎发育异常、腺管阻塞和外伤相关三种情况。胚胎发育异常时如中肾管残留可致阴道囊肿；腺管阻塞包括宫颈腺管阻塞蔓延影响阴道及阴道本身腺管阻塞，前者与炎症刺激等有关，后者与局部创伤、炎症等有关；外伤相关则是会阴部外伤致阴道局部组织血肿机化、液化形成囊肿，有会阴部外伤史女性需关注。
一、胚胎发育异常导致的阴道囊肿
在胚胎发育时期，阴道的形成是由苗勒管融合等一系列复杂过程完成的。如果在这个过程中，组织发生了异常的增生、残留等情况，就可能形成囊肿。例如，中肾管残留是导致阴道囊肿的一个因素，中肾管在正常发育过程中会逐渐退化，但部分残留的中肾管组织可能会持续存在并形成囊肿，这种情况在女性胎儿发育阶段就已奠定基础，随着年龄增长到一定阶段可能逐渐显现。
二、腺管阻塞引起的阴道囊肿
1.宫颈腺管阻塞：宫颈的腺体如果发生阻塞，腺体分泌的黏液无法正常排出，就可能形成囊肿，这种情况也可能蔓延影响到阴道部位相关的腺管。比如，女性在一些炎症刺激等因素影响下，宫颈腺管的开口被堵塞，黏液潴留，长期以往可能发展为涉及阴道的囊肿情况。不同年龄段的女性都可能因为宫颈腺管阻塞相关因素而出现这种情况，青春期女性可能因激素变化等因素影响宫颈腺体状态，育龄期女性可能因妇科炎症等更易出现腺管阻塞。
2.阴道本身腺管阻塞：阴道局部的腺体腺管如果发生阻塞，也会导致分泌物潴留形成囊肿。这可能与局部的创伤、炎症等因素有关，比如女性在分娩过程中可能会对阴道局部造成一定损伤，或者日常阴道受到细菌、病毒等感染引发炎症，都可能导致阴道腺管阻塞，进而形成囊肿。对于有过分娩经历的女性来说，相对更易出现因分娩相关因素导致阴道腺管阻塞从而形成囊肿的情况；而有阴道炎症病史的女性，患阴道囊肿的风险也会相应增加。
三、外伤相关的阴道囊肿
女性在一些意外外伤情况中，比如会阴部受到撞击等外伤，可能导致阴道局部的组织出现血肿，之后血肿机化、液化等过程可能形成囊肿。这种情况在有过会阴部外伤史的女性中需要关注，比如有过剧烈运动导致会阴部撞击受伤，或者遭受意外事故导致会阴部受伤的女性，后续需要留意是否出现阴道囊肿相关表现。不同性别中女性是该情况的主要人群，有明确会阴部外伤病史的女性属于高危人群，需要密切观察自身身体状况，一旦发现异常及时就医检查。
