食管低级别上皮内瘤变通常无明显特异性症状，多在胃镜活检时发现，部分患者有非特异性消化道相关症状，包括吞咽不适相关的吞咽异物感、轻度吞咽梗阻感（中老年及长期吸烟饮酒人群易出现，胃食管反流病史者风险增加），以及消化不良相关的上腹部不适、嗳气（女性过度节食减肥、男性长期高盐高脂饮食等可能影响，儿童罕见）。
吞咽不适相关症状：
吞咽异物感：患者可能感觉食管内有异物存在，仿佛有东西堵在食管里，但不影响进食，这种异物感可能时轻时重，在进食固体食物或吞咽较快时可能会更明显一些。从年龄因素来看，各个年龄段都可能发生，但一般中老年人群由于食管黏膜可能出现一定程度的退变等情况，相对更易出现一些食管相关的异常感觉，但这也不是绝对的，年轻人群如果有不良的生活方式等也可能出现。比如长期吸烟、饮酒的人群，食管黏膜长期受到刺激，也可能出现吞咽异物感等表现。
轻度吞咽梗阻感：少数患者可能会感觉到吞咽时有轻度的梗阻，即食物通过食管时没有那么顺畅，但一般不影响正常的进食，仍能顺利咽下食物，只是在吞咽过程中能感觉到有轻微的阻碍感。对于有基础病史的人群，比如本身有胃食管反流病史的患者，由于反流的胃酸等刺激食管黏膜，可能会增加出现食管低级别上皮内瘤变相关症状的风险，同时也可能使已有的吞咽不适等症状加重。
消化不良相关症状：
上腹部不适：部分患者可能会出现上腹部的隐痛、胀痛或饱胀感等。这是因为食管的病变可能会影响到整个消化道的功能，导致胃肠道的消化和蠕动功能出现一定程度的紊乱。从性别角度来看，男女都可能发生，但在一些生活方式方面，比如女性如果有过度节食、减肥等不良生活方式，可能会影响胃肠道的正常功能，进而可能与食管低级别上皮内瘤变的症状产生关联。而男性如果有长期高盐、高脂饮食等情况，也可能增加胃肠道功能紊乱的风险，从而更容易出现上腹部不适等相关症状。
嗳气：患者会出现不自觉地嗳气现象，即胃内气体经食管排出体外的情况。这也是由于食管病变可能影响了食管下括约肌的功能，导致胃内气体容易反流至食管，进而引起嗳气。对于儿童来说，如果是因为先天性的食管发育等问题导致的食管低级别上皮内瘤变非常罕见，但如果是有一些特殊的遗传综合征等情况可能会涉及，不过儿童时期发生食管低级别上皮内瘤变总体较少见，而如果是成年后因后天因素导致的，其嗳气等症状的产生机制与成人是类似的，都是与食管功能以及胃肠道整体功能相关。
