畸胎瘤成因包括生殖细胞异常分化和其他可能相关因素，生殖细胞异常分化与胚胎发育时期因素及遗传因素影响有关，其他可能相关因素涉及内分泌因素和环境因素，不同因素对不同部位、不同年龄段畸胎瘤发生有影响。
胚胎发育时期因素：在胚胎发育的早期阶段，生殖细胞具有分化成各种组织细胞的潜能。正常情况下，这些生殖细胞会按照特定的程序有序分化发育。但如果在胚胎发育过程中，某些原始生殖细胞出现了异常分化，就可能形成畸胎瘤。例如，在胚胎期第3-6周时，原始生殖细胞开始迁移并定位于生殖嵴，若在此过程中部分生殖细胞发生了错误的分化，就有可能残留一些具有多向分化潜能的细胞，这些细胞在后续的生长发育过程中，可能会异常增殖并分化形成畸胎瘤相关的各种组织成分，如毛发、牙齿、皮脂腺、神经组织等。不同年龄段的人群都可能受到胚胎发育时期异常的影响，胎儿期、婴幼儿期、儿童期乃至成年期都有发生畸胎瘤的可能，只是不同部位的畸胎瘤好发年龄有所差异，比如卵巢畸胎瘤在育龄女性中相对多见。
遗传因素影响：某些遗传综合征与畸胎瘤的发生相关。例如，皮-杰综合征（Peutz-Jegherssyndrome）患者发生卵巢畸胎瘤的风险可能增加。遗传物质的异常可能影响生殖细胞的正常分化和发育调控机制，使得个体更容易出现生殖细胞的异常分化情况从而引发畸胎瘤。对于有家族遗传综合征病史的人群，其发生畸胎瘤的风险相对较高，需要在日常生活中更加密切地关注身体状况，一旦出现相关疑似症状应及时就医检查。
其他可能相关因素
内分泌因素：内分泌失衡可能对畸胎瘤的发生有一定影响。女性的内分泌环境相对复杂，雌激素、孕激素等激素水平的变化可能会影响生殖系统的细胞生长和分化。例如，在一些卵巢畸胎瘤患者中，可能存在内分泌激素水平的异常波动，这种波动可能干扰了卵巢内生殖细胞的正常状态，导致异常增殖和分化形成畸胎瘤。不同性别在内分泌方面的差异也会影响畸胎瘤的发生情况，女性由于其生殖系统的特殊性，卵巢畸胎瘤的发生率相对男性更高一些特定部位的畸胎瘤而言，内分泌因素的影响可能更为突出。
环境因素：虽然环境因素对畸胎瘤发生的直接作用证据相对有限，但一些研究提示，长期暴露于某些环境污染物可能会影响生殖细胞的健康。例如，长期接触某些化学物质，如某些工业污染物、农药残留等，可能会对生殖细胞的DNA等遗传物质产生损伤，干扰生殖细胞的正常分化过程，增加畸胎瘤的发生风险。不同生活方式的人群接触环境因素的程度不同，长期处于污染环境工作的人群，或者长期有不良生活习惯（如吸烟、过度饮酒等）的人群，可能在一定程度上会受到环境因素对畸胎瘤发生的潜在影响，需要通过改善生活环境和生活方式来降低风险。
