阴道囊肿的形成原因包括先天性因素（中肾管残留、副中肾管残留）、后天性因素（损伤因素如手术或外伤、分娩损伤；炎症因素如慢性炎症刺激、特异性炎症）以及其他因素（内分泌因素、遗传因素）。
副中肾管残留：副中肾管也是胚胎时期的重要结构，女性的子宫、输卵管等由副中肾管发育而来。副中肾管在发育过程中若有残留组织形成囊肿，也可导致阴道囊肿的出现。其发生与胚胎期副中肾管的发育异常有关，不同个体胚胎发育时副中肾管的分化情况存在差异，部分女性副中肾管分化过程出现偏差，残留组织形成囊肿。
后天性因素
损伤因素：
手术或外伤：女性在进行阴道相关手术，如阴道整形手术等，或者会阴部受到外伤时，可能导致阴道组织受损。受损的组织在修复过程中，局部组织增生、囊性变，从而形成阴道囊肿。例如，在阴道手术过程中，缝合不当或组织受到过度挤压等情况，可能影响组织的正常修复，引发囊肿。不同的手术操作和外伤程度对阴道组织的影响不同，严重的外伤或不当的手术操作更易导致组织修复异常形成囊肿。
分娩损伤：女性分娩时，胎儿通过阴道娩出，可能对阴道壁造成一定的损伤。如果分娩后阴道壁的损伤处没有得到良好的修复，局部组织发生囊性改变，就可能形成阴道囊肿。经阴道分娩的产妇发生这种情况的风险相对较高，分娩过程中胎儿对阴道壁的挤压、拉伸等力量较大，容易造成组织损伤，若损伤修复不良则易引发囊肿。
炎症因素：
慢性炎症刺激：阴道长期受到慢性炎症的刺激，如阴道炎反复发作等。炎症会导致阴道壁的腺体导管堵塞，腺体分泌物潴留，进而形成囊肿。例如，细菌性阴道炎、霉菌性阴道炎等慢性炎症若未得到有效控制，长期刺激阴道组织，使腺体导管阻塞，分泌物积聚形成囊肿。不同类型的阴道炎对阴道组织的刺激程度和方式不同，持续的炎症刺激是导致腺体导管堵塞的重要原因。
特异性炎症：某些特异性炎症，如结核性炎症等，也可能累及阴道组织，导致阴道囊肿的形成。结核杆菌感染阴道组织后，会引起局部组织的炎症反应，进而导致组织增生、囊性变。结核性炎症相对少见，但一旦发生，对阴道组织的影响较为特殊，会引发相应的病理改变形成囊肿。
其他因素
内分泌因素：体内内分泌水平的变化可能对阴道组织产生影响。例如，雌激素水平的波动可能影响阴道组织的代谢和腺体的分泌功能。当雌激素水平异常时，可能导致阴道组织的腺体分泌失调，增加阴道囊肿形成的风险。不同年龄段女性的雌激素水平不同，如青春期、育龄期、围绝经期等不同阶段雌激素水平变化较大，可能影响阴道组织的状态，进而与阴道囊肿的形成相关。
遗传因素：虽然阴道囊肿的遗传因素不是主要的，但有研究表明，某些遗传易感性可能使个体更容易发生阴道囊肿。如果家族中有相关疾病的遗传倾向，个体发生阴道囊肿的概率可能会相对增加。遗传因素通过影响个体的基因表达和组织发育等方面，对阴道囊肿的发生起到一定的潜在作用，但具体的遗传机制还需要进一步深入研究。
