卵巢妊娠病因尚未完全明确，与输卵管功能异常（输卵管炎症、输卵管手术史）、受精卵游走、辅助生殖技术相关因素、内分泌失调、子宫内膜异位症等多种因素有关，其中输卵管慢性炎症、手术史、受精卵游走、辅助生殖技术应用、内分泌失调、子宫内膜异位症等均可能影响受精卵正常运行与着床致卵巢妊娠。
输卵管功能异常
输卵管炎症：输卵管的慢性炎症是导致卵巢妊娠的重要因素之一。输卵管黏膜的炎症可引起黏膜皱襞粘连，管腔变窄，或使纤毛功能受损，影响受精卵的正常运行。例如，淋菌性输卵管炎等感染性疾病，会破坏输卵管的正常结构和功能，使受精卵在向宫腔移动过程中受阻，从而可能着床于卵巢。从年龄角度来看，育龄期女性由于性生活相对活跃，发生输卵管炎症的风险相对较高，而炎症引发输卵管功能异常进而导致卵巢妊娠的几率也相应增加。对于有过盆腔炎病史等相关病史的女性，其发生卵巢妊娠的可能性较无此类病史者更高。
输卵管手术史：曾接受过输卵管手术，如输卵管绝育术、输卵管再通术等，可能会改变输卵管的正常解剖结构和功能。手术造成的输卵管瘢痕形成、管腔狭窄或蠕动异常等，会影响受精卵的运输。比如，输卵管绝育术后若发生再通但形态异常，受精卵在通过输卵管时就容易出现障碍，增加了着床于卵巢的概率。不同年龄层接受输卵管手术的女性，术后发生卵巢妊娠的风险可能因个体恢复情况等因素有所不同，但总体而言，有输卵管手术史的人群相对更易出现卵巢妊娠相关情况。
受精卵游走：受精卵在一侧输卵管形成后，经宫腔或腹腔向对侧输卵管移动，由于移动时间过长，受精卵在到达宫腔前已具备着床能力，从而在对侧卵巢着床。这种情况与女性的生殖生理过程相关，一般不受特定年龄限制，但育龄期女性因为有正常的生殖细胞活动，相对更易出现受精卵游走的情况。例如，一些女性的输卵管蠕动等功能可能存在个体差异，导致受精卵游走的概率增加，进而增加了卵巢妊娠的发生风险。
辅助生殖技术相关因素：随着辅助生殖技术的应用，卵巢妊娠的发生率有一定程度的上升。这可能与促排卵药物的使用导致多个卵泡发育，改变了盆腔内环境，以及胚胎移植过程中胚胎的放置位置等因素有关。在接受辅助生殖技术的人群中，不同年龄的女性都可能受到影响，年轻女性由于卵巢储备功能相对较好，可能使用促排卵药物的剂量等情况与年龄较大者不同，但总体而言，辅助生殖技术相关的多种因素共同作用，使得卵巢妊娠的发生风险增加。
其他因素
内分泌失调：体内激素水平的异常可能影响受精卵的运行和着床。例如，雌激素和孕激素的分泌失衡，可能干扰输卵管的正常蠕动和受精卵的输送。不同年龄阶段女性的内分泌状态有所不同，育龄期女性内分泌相对活跃，若出现内分泌失调，更易影响生殖系统的正常功能，从而增加卵巢妊娠的发生几率。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位症可累及卵巢等部位，改变卵巢周围的组织环境，影响受精卵的正常着床位置。患有子宫内膜异位症的女性，其发生卵巢妊娠的风险较正常女性明显升高。不同年龄的子宫内膜异位症患者都可能面临卵巢妊娠的风险，且病情的严重程度等因素也会影响风险的高低，病情较重者卵巢妊娠的可能性相对更大。
