真菌性食管炎有常见症状和其他伴随症状，常见症状包括吞咽困难（食管黏膜炎症水肿致管腔狭窄，各年龄段有不同表现，免疫力低下人群易患）、胸骨后疼痛（食管黏膜受侵刺激神经末梢，不同人群表现不同，特定生活方式人群易患）、反酸烧心（食管下端括约肌功能受影响，不同人群表现有别，特定生活方式人群风险高）；其他伴随症状有食欲减退（吞咽困难等致进食欲望受影响，特定人群情况更重）、体重减轻（食欲减退等综合作用，特定人群风险增加）、发热（病情重时免疫反应致，特定人群发热情况不同，特定生活方式易致严重症状）。
胸骨后疼痛：多数患者会有胸骨后疼痛的表现。疼痛性质多样，可为隐痛、灼痛或刺痛等。这是由于食管黏膜受真菌侵犯，炎症刺激神经末梢所致。儿童患者可能无法准确表述疼痛部位，但会表现出哭闹、烦躁不安等异常情绪；成年患者可明确指出胸骨后疼痛，疼痛程度和频率会因个体差异以及病情严重程度不同而有所不同。在生活方式上，长期大量饮酒、吸烟的人群，食管黏膜屏障功能受损，更容易遭受真菌侵袭，从而引发胸骨后疼痛。有胃食管反流病史的患者，本身就存在食管黏膜损伤的基础，发生真菌性食管炎时胸骨后疼痛可能更明显。
反酸、烧心：部分患者会出现反酸、烧心症状，这与食管下端括约肌功能受真菌性炎症影响有关，导致胃酸反流至食管引起不适。儿童患者可能表现为呕吐、拒食等；成年患者则典型地感觉有酸性物质从胃向上涌至咽部或口腔，同时伴有胸骨后烧灼感。对于老年患者，由于食管蠕动功能减退等因素，反酸、烧心症状可能相对不典型，但仍需引起重视。在生活方式上，肥胖人群由于腹腔压力较高，更容易出现胃酸反流，进而增加真菌性食管炎发生反酸、烧心的风险；有不良饮食习惯，如晚餐过饱、进食后立即平卧等的人群，也容易出现反酸、烧心伴随真菌性食管炎的情况。
其他伴随症状
食欲减退：患者往往会出现食欲减退的情况，这是因为吞咽困难和食管不适影响了患者的进食欲望。儿童患者可能表现为奶量减少、辅食摄入明显减少；成年患者则是进食量较平时显著降低。对于患有基础疾病的特殊人群，如肿瘤患者在化疗后免疫力低下发生真菌性食管炎时，食欲减退可能会进一步加重患者的营养不良状况，需要特别关注。生活方式中，长期精神压力大可能会影响患者的食欲，同时也可能导致免疫力下降，增加真菌性食管炎的发生风险，进而加重食欲减退的症状。
体重减轻：如果病情持续发展，患者可能会出现体重减轻的情况。这是由于食欲减退导致摄入热量不足，再加上身体为了应对感染处于高代谢状态等多种因素综合作用的结果。儿童患者体重增长缓慢或不增反降；成年患者则表现为体重在短时间内明显下降。对于老年患者，体重减轻可能会使身体的各项机能进一步衰退，增加感染等并发症的发生风险。在生活方式方面，缺乏运动且营养不均衡的人群，发生真菌性食管炎后更容易出现体重减轻的情况，需要通过合理调整饮食和生活方式来改善营养状况。
发热：病情较重时，部分患者可能会出现发热症状，这是身体对真菌感染的免疫反应所致。儿童患者发热时可能表现为体温升高、精神萎靡等；成年患者发热程度可从低热到高热不等。对于免疫力低下的特殊人群，如艾滋病患者发生真菌性食管炎时，发热可能较为持续且不易控制。在病史方面，有反复发热且原因不明的患者，需要排查是否存在真菌感染导致的真菌性食管炎等情况。生活方式中，经常熬夜、过度劳累会降低机体免疫力，使患者在发生真菌性食管炎时更容易出现发热等较为严重的症状。
