宫颈囊肿消失可能因自身免疫系统发挥作用、生理性变化导致或治疗干预后自然转归，育龄女性、围绝经期女性及有基础病史的女性需分别关注相应情况，育龄女性备孕要维持良好生活方式监测健康，围绝经期女性关注激素变化及定期妇科检查，有基础病史女性需更密切随访。
机体的免疫系统具有一定的调节能力，当宫颈囊肿是由于一些相对较轻的炎症刺激等因素引起时，自身免疫系统有可能识别并清除相关的致病因素，从而使囊肿逐渐消退。例如，女性自身抵抗力较好，在面对一些轻微的宫颈局部炎性反应导致的小囊肿时，免疫系统启动防御机制，抑制了炎症进一步发展，同时使囊肿组织被逐步吸收，最终囊肿消失。不同年龄阶段的女性，免疫系统功能状态有所不同，年轻女性通常免疫系统较为活跃，相对更有可能依靠自身免疫调节使宫颈囊肿消失；而年龄较大的女性，免疫系统功能可能有所下降，但如果存在相对较轻的病因，也有一定机会通过免疫系统的调整来促使囊肿消退。
生理性变化导致
宫颈囊肿多为宫颈的生理性变化。子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。部分情况下，随着女性体内激素水平的周期性变化等生理因素影响，这种潴留状态可能会发生改变，腺管口重新通畅，潴留的分泌物排出，囊肿也就随之消失。比如在青春期、育龄期等激素水平相对活跃的阶段，激素波动可能对宫颈局部的腺体分泌及导管状态产生影响，使得原本堵塞的腺管口恢复通畅，囊肿消退。不同性别在不同生理阶段激素水平差异明显，女性在不同年龄阶段激素水平变化较大，青春期、育龄期、围绝经期等不同时期激素水平不同，都可能影响宫颈囊肿的生理性变化情况。
治疗干预后的自然转归
如果既往曾针对宫颈囊肿相关病因进行过一些非手术的干预措施，虽然没有特意针对囊肿进行治疗，但相关治疗使得病因得到控制，也可能间接促使囊肿消失。例如，针对引起宫颈局部炎症的病原体进行了有效的抗感染治疗，炎症消退后，原本因炎症刺激导致的囊肿也随之消退。不同生活方式的女性，感染病原体的风险及治疗后的恢复情况可能不同，比如性生活频繁、不注意个人卫生的女性相对更容易发生宫颈感染性疾病，在经过规范的抗感染治疗后，炎症得到控制，宫颈囊肿消失的可能性相对更高；而生活方式较为健康、注意保持私处清洁的女性，发生相关感染的几率较低，宫颈囊肿消失可能更多与生理性因素等有关。
特殊人群需注意的情况
育龄女性
育龄女性如果发现宫颈囊肿消失，要关注自身月经周期、生育计划等情况。如果有备孕计划，要注意维持良好的生活方式，保证营养均衡、作息规律，继续监测宫颈及生殖系统的健康状况，因为之前宫颈囊肿的出现可能与当时的身体状态有关，后续仍需警惕再次出现类似情况影响受孕或孕期健康。
围绝经期女性
围绝经期女性宫颈囊肿消失后，要关注激素水平变化带来的其他身体影响，比如潮热、盗汗、情绪波动等围绝经期综合征表现。同时要定期进行妇科检查，因为虽然宫颈囊肿消失了，但围绝经期女性患其他妇科疾病的风险可能增加，通过定期检查能及时发现潜在问题并处理。
有基础病史的女性
如果女性既往有宫颈病变相关病史等基础病史，宫颈囊肿消失后仍不能放松警惕，需要更密切地随访。比如曾有宫颈上皮内瘤变病史的女性，即使宫颈囊肿消失，也仍要定期进行宫颈细胞学检查和人乳头瘤病毒（HPV）检测，因为宫颈局部的病变可能存在复发或其他变化的可能，基础病史会影响身体的整体健康状态及疾病的发生发展情况，所以需要更加严密监测。
