肾盂肾炎致病菌以革兰阴性杆菌为主，其中大肠埃希菌最常见（约占60%-80%），女性、儿童女婴易因大肠埃希菌逆行感染肾盂；变形杆菌可分解尿素致尿液pH升高并易形成并发症，留置导尿管患者易感染；克雷伯菌属感染相对少见但病情有时严重，老年或有基础疾病人群风险可能增加；铜绿假单胞菌常存于医院环境，住院长期用抗生素等特殊人群易感染且耐药性强需注意预防。
大肠埃希菌
大肠埃希菌是肠道正常菌群之一，当机体抵抗力下降或尿路黏膜有损伤时，大肠埃希菌可逆行感染肾盂引发炎症。在女性中，由于尿道短而宽，且靠近肛门，更容易发生大肠埃希菌感染导致肾盂肾炎。对于儿童患者，尤其是女婴，大肠埃希菌引起肾盂肾炎的情况也较为常见，需要注意保持会阴部清洁卫生以降低感染风险。
变形杆菌
变形杆菌也是肾盂肾炎的常见致病菌之一，其具有尿素酶，可分解尿素产生氨，使尿液pH值升高，有利于细菌生长，同时氨对尿路黏膜有刺激作用，易形成结石等并发症，增加肾盂肾炎治疗的复杂性。变形杆菌感染在留置导尿管的患者中相对多见，因为导尿管为细菌提供了侵入尿路的途径，这类患者需要加强导尿管护理，减少变形杆菌感染的机会。
克雷伯菌属
克雷伯菌属引起的肾盂肾炎相对较少见，但一旦感染，病情有时较为严重。该菌可产生多糖荚膜，具有抵抗吞噬细胞吞噬和体液中杀菌物质的作用，使感染容易扩散。对于老年患者或本身存在基础疾病（如糖尿病等）的人群，克雷伯菌属感染肾盂肾炎的风险可能增加，需要密切关注其尿路症状，及时进行诊断和治疗。
铜绿假单胞菌
铜绿假单胞菌常存在于医院环境中，对于住院患者，尤其是长期使用抗生素、免疫功能低下或接受侵入性操作（如膀胱镜检查等）的患者，容易感染铜绿假单胞菌导致肾盂肾炎。该菌具有多重耐药性，治疗相对困难，在这类特殊人群中需格外注意预防其感染，严格执行无菌操作等措施。
