先天性心脏病的病因包括遗传因素、环境因素和胎儿自身发育因素。遗传因素使家族中有相关病史者子代患病风险增加；环境因素有母体妊娠期感染、接触有害物质及患代谢性疾病、年龄大等；胎儿自身发育关键期（受孕后2-8周）基因表达等异常可致心脏结构发育偏差。
环境因素
母体妊娠期感染：母亲在妊娠早期（尤其是前3个月）若感染风疹病毒、巨细胞病毒、流感病毒等，病毒可通过胎盘影响胎儿心脏发育。例如，风疹病毒感染可干扰心脏瓣膜、间隔等结构的正常形成，增加胎儿患先天性心脏病的概率。不同性别胎儿在感染后的心脏发育受影响程度可能无明显性别差异，但母亲的感染状态对胎儿心脏发育的影响是普遍存在的，妊娠期间应尽量避免感染。
母体妊娠期接触有害物质：母亲在孕期接触放射性物质、某些化学毒物（如农药、苯类等）或服用某些致畸药物（如抗肿瘤药物、抗癫痫药物等），这些有害物质可通过胎盘干扰胎儿心脏的正常发育过程。不同生活方式的母亲，如长期接触有害环境的母亲，其胎儿患先天性心脏病的风险更高。例如，长期在有放射性污染环境中工作的母亲，胎儿心脏发育异常的可能性增加，应尽量避免在孕期接触此类有害物质。
其他环境因素：母亲孕期患有糖尿病等代谢性疾病，血糖控制不佳时，高血糖环境可影响胎儿心脏的血管形成和心肌发育。年龄较大的孕妇（如超过35岁），其胎儿患先天性心脏病的风险也相对较高，可能与卵子质量下降、孕期并发症增多等因素有关。不同年龄的孕妇面临的风险不同，高龄孕妇需要更密切的产前检查来监测胎儿心脏发育情况。
胎儿自身发育因素
在胎儿心脏发育的关键时期（受孕后2-8周），任何影响心脏正常分化和融合的因素都可能导致先天性心脏病。例如，胎儿自身的基因表达异常、细胞增殖和凋亡失衡等情况，都可能使心脏的腔室、血管等结构发育出现偏差。不同胎儿个体之间存在基因和发育过程的差异，一些胎儿可能由于自身发育过程中的偶然因素出现心脏结构异常，从而表现出先天性心脏病的相关表现。
