颅骨缺损的成因包括创伤性因素（交通事故伤、高处坠落伤、暴力打击伤）、医源性因素（颅脑手术）和疾病因素（颅骨肿瘤、颅骨骨髓炎），不同因素对不同年龄、性别人群影响各有特点。
高处坠落伤：从高处坠落时，头部着地是常见的受伤方式，强大的冲击力会使颅骨部分结构破损、缺失，导致颅骨缺损。比如建筑工人高空作业时不慎坠落，头部着地引发颅骨缺损。年龄方面，中青年由于从事高空作业等工作的概率相对较高，发生高处坠落伤导致颅骨缺损的风险相对大一些；老年人若不慎从高处（如楼梯等）坠落，也可能出现此类情况。
暴力打击伤：被钝器或锐器打击头部，可直接造成颅骨的破损、缺失。例如街头斗殴中头部被棍棒等打击，导致颅骨缺损。不同性别在这类损伤中无明显绝对差异，但男性因从事一些可能涉及暴力冲突场景工作或活动的概率相对稍高，相对更易发生此类损伤导致颅骨缺损。
医源性因素
颅脑手术：某些颅脑手术为了达到治疗目的，如清除颅内血肿、切除颅内肿瘤等，可能需要去除部分颅骨，术后就会形成颅骨缺损。例如因颅内肿瘤行开颅手术，为了充分暴露术区、完成手术操作，会去除相应部位颅骨，术后遗留颅骨缺损。不同年龄人群都可能因颅脑手术出现颅骨缺损，儿童可能因脑部肿瘤等疾病需行颅脑手术导致颅骨缺损，成年人因各种颅脑病变行手术也较常见，老年人若有颅内病变需手术时也可能出现。
疾病因素
颅骨肿瘤：颅骨本身的肿瘤性病变，如颅骨骨肉瘤等，会破坏颅骨的正常结构，导致颅骨缺损。肿瘤不断生长侵蚀颅骨，使部分颅骨组织被破坏缺失。不同年龄均可发生颅骨肿瘤相关的颅骨缺损，儿童可能患一些先天性颅骨肿瘤，成年人及老年人也可能患后天性颅骨肿瘤。
颅骨骨髓炎：颅骨发生骨髓炎时，炎症会破坏颅骨的骨质，导致颅骨缺损。例如金黄色葡萄球菌等感染引起颅骨骨髓炎，炎症持续发展破坏颅骨组织。各年龄阶段都可能患颅骨骨髓炎，但儿童免疫系统相对较弱，发生颅骨骨髓炎的风险可能相对有别，老年人因机体抵抗力下降等，也易患颅骨骨髓炎导致颅骨缺损。
