阴道囊肿主要有胚胎发育异常导致、潴留性阴道囊肿、中肾管残留相关三种情况。胚胎发育时苗勒管等发育异常可致阴道囊肿；潴留性阴道囊肿与分娩时会阴部组织创伤致腺体分泌物排出受阻及局部炎症刺激致腺体导管狭窄阻塞有关；中肾管残留相关阴道囊肿是因女性胚胎发育中后期中肾管部分残留组织未完全退化形成。
潴留性阴道囊肿
分娩相关因素：女性在分娩过程中，会阴部的组织可能会受到一定的创伤，比如会阴侧切或者自然撕裂等情况。如果阴道壁的腺体导管在分娩时受到损伤，导致腺体分泌物排出受阻，就容易形成潴留性囊肿。例如，阴道壁的黏液腺导管受损后，腺体内的分泌物积聚，逐渐形成囊肿。而且，经产妇由于分娩次数相对较多，会阴部组织经历创伤的机会更多，发生潴留性阴道囊肿的风险可能相对较高一些。
局部炎症刺激：阴道局部的慢性炎症长期刺激阴道壁的腺体，会使腺体导管发生狭窄或者阻塞。常见的阴道炎等炎症性疾病，如果没有得到及时有效的治疗，炎症持续存在，就会影响腺体导管的正常功能，导致分泌物潴留。不同年龄阶段的女性都可能受到阴道炎症的影响，比如青春期女性由于体内激素水平变化等原因，阴道局部环境改变，容易发生阴道炎，若未及时处理，就有引发潴留性阴道囊肿的可能；育龄期女性性生活相对频繁等因素也增加了阴道感染炎症的几率；绝经后女性雌激素水平降低，阴道黏膜变薄，局部抵抗力下降，也容易受到炎症侵袭，进而增加潴留性阴道囊肿的发生风险。
中肾管残留相关的阴道囊肿
中肾管是胚胎发育过程中男性和女性都存在的一种结构，在女性胚胎发育过程中，中肾管大部分会退化消失，但部分残留的中肾管组织可能会形成囊肿。在胚胎发育的后期阶段，中肾管的某些残留部分没有完全退化干净，这些残留组织在一定条件下可能会发展成为中肾管囊肿。这种情况与胚胎时期中肾管的正常退化过程出现偏差有关，不同个体中肾管残留的情况不同，所以是否会引发阴道囊肿以及囊肿的具体情况也会有所差异，不过总体上是由于中肾管残留这一胚胎发育相关的因素导致阴道囊肿的产生。
