以下情况不适合羊水穿刺：孕周不合适（过早低于16周难获足够羊水、过晚超22周终止妊娠风险增）、有出血倾向（如凝血功能障碍疾病易致出血不止）、患严重心肺疾病（会加重心肺负担危及孕妇及胎儿）、生殖系统感染（可致宫内感染影响胎儿）、染色体异常高风险但不愿承受风险（需沟通明确情况）。
一、孕周不合适者
一般来说，羊水穿刺通常建议在妊娠16-22周进行。如果孕周过早，如低于16周，此时羊水量相对较少，进行羊水穿刺操作时获取足够量羊水的难度较大，可能会增加穿刺失败的风险；而孕周过晚，如超过22周，若此时发现胎儿有异常需要终止妊娠，对孕妇造成的身心创伤以及手术相关风险会相对增加。
二、有出血倾向者
孕妇本身存在凝血功能障碍等出血倾向相关疾病时不适合羊水穿刺。例如患有血小板减少性紫癜等疾病的孕妇，在羊水穿刺过程中，由于穿刺部位可能会有出血情况，而其自身凝血机制异常，难以有效止血，会导致出血不止等严重并发症，危及孕妇生命安全以及影响胎儿的稳定。
三、患严重心肺疾病者
孕妇患有严重的心肺疾病，如严重的先天性心脏病、重度慢性阻塞性肺疾病等。在羊水穿刺过程中，孕妇需要保持一定的体位等，这可能会加重心肺负担，导致心肺功能进一步恶化，引发呼吸困难、缺氧等严重情况，不仅对孕妇的健康构成威胁，还可能影响胎儿的血氧供应等，不利于胎儿的正常状态维持。
四、生殖系统感染患者
孕妇存在生殖系统感染，如阴道炎、宫颈炎等。此时进行羊水穿刺，细菌等病原体有可能通过穿刺途径进入宫腔内，引发宫内感染，进而影响胎儿的生长发育，可能导致胎儿出现宫内感染性疾病，如胎儿宫内肺炎等严重后果。
五、染色体异常高风险但不愿承受羊水穿刺风险者
虽然孕妇属于染色体异常高风险人群，但如果孕妇及其家属坚决不愿意承受羊水穿刺可能带来的流产等风险（羊水穿刺有一定的流产发生率，约在0.5%-1%左右），从伦理和孕妇意愿角度考虑，此时可能不选择羊水穿刺，但这需要充分沟通让孕妇及家属明确知晓相关风险和替代方案等情况。
