卵巢囊肿是否自愈分情况，生理性卵巢囊肿有自愈可能，定期复查超声观察即可；病理性卵巢囊肿通常不会自愈，如子宫内膜异位囊肿、浆液性囊腺瘤等上皮性卵巢肿瘤不会自行消失还可能增大恶变，需手术等治疗，特殊人群如青春期、围绝经期及有特殊病史人群出现卵巢囊肿需特殊关注及个体化处理。
生理性卵巢囊肿较为常见，多与女性的生理周期相关。例如卵泡囊肿，是由于卵泡成熟后不排卵或闭锁不全等原因形成，一般直径通常小于5厘米。在月经周期变化过程中，部分生理性卵巢囊肿可自行消失，无需特殊治疗。以正常月经周期28-30天为例，卵泡会经历发育、成熟、排卵等过程，若卵泡未正常排卵形成囊肿，在后续周期可能会自行消退。对于处于生育年龄、无特殊不适且囊肿较小的生理性卵巢囊肿患者，一般建议定期复查超声，观察囊肿变化情况即可。
病理性卵巢囊肿通常不会自愈
子宫内膜异位囊肿：这是子宫内膜异位症的一种病变，异位的子宫内膜在卵巢内生长，形成囊肿，囊肿内含有类似巧克力样的粘稠液体，称为卵巢巧克力囊肿。这种囊肿不会自行消失，而且会随着时间推移逐渐增大，还可能引起进行性加重的痛经、不孕等问题。患者多有继发性痛经且逐年加重的病史，对于有生育需求或囊肿较大等情况时，可能需要手术等治疗手段。
浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤等上皮性卵巢肿瘤：这类病理性卵巢囊肿是由卵巢上皮细胞异常增生形成，不会自行消退，并且有逐渐增大甚至恶变的可能。例如浆液性囊腺瘤，多为单侧，表面光滑，呈囊性，可分为单纯性及乳头状两型，乳头状者易恶变。对于此类囊肿，一经发现，若符合手术指征多需手术治疗。
特殊人群方面，对于青春期女性出现的生理性卵巢囊肿，一般密切观察即可，因为青春期内分泌变化较大，但需警惕病理性囊肿的可能；对于围绝经期女性，发现卵巢囊肿时更要谨慎，因为此阶段卵巢肿瘤恶变风险相对增高，需积极评估囊肿性质；对于有盆腔手术史、子宫内膜异位症病史等特殊病史的人群，出现卵巢囊肿时要综合考虑原发病情况来判断囊肿的处理方式，比如子宫内膜异位症患者出现的卵巢囊肿，治疗需更个体化且要关注原发病对生育等方面的影响。
