胎儿脑积水的发生原因包括遗传因素（如单基因遗传疾病或染色体异常致脑发育相关基因异常，干扰脑脊液循环吸收）、感染因素（孕期母体感染风疹病毒、巨细胞病毒等致胎儿神经系统发育异常，脑脊液循环受阻）、先天性脑部结构异常（如中脑导水管狭窄、小脑扁桃体下疝等致脑脊液循环通路异常）及其他因素（孕期母体接触放射性物质、服用致畸药物、营养不良等影响胎儿脑部发育，增加脑积水几率）。
遗传因素：某些单基因遗传疾病或染色体异常可导致胎儿脑积水。例如，染色体数目异常如21-三体综合征（唐氏综合征）等，常伴有神经系统发育的畸形，其中就包括脑积水相关的病理改变。在遗传因素影响下，胎儿脑部发育过程中相关基因的突变或异常表达，会干扰正常的脑发育进程，影响脑脊液的循环和吸收等环节，从而引发脑积水。
感染因素：孕期母体感染某些病原体可波及胎儿，增加胎儿脑积水的发生风险。如孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等。这些病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿神经系统的发育，导致脑室系统发育异常，脑脊液循环受阻。例如，风疹病毒感染可引起胎儿脑部的炎症反应，破坏脑室系统的正常结构和功能，使得脑脊液的产生和吸收失衡，进而引发脑积水。
先天性脑部结构异常：胎儿在胚胎发育早期，脑部结构形成过程中出现异常。比如脑室系统本身的发育畸形，中脑导水管狭窄是较为常见的导致胎儿脑积水的先天性结构异常情况。中脑导水管狭窄会阻碍脑脊液从第三脑室流向第四脑室，使得脑脊液在脑室系统内积聚，引起脑室扩张，导致脑积水的发生。此外，小脑扁桃体下疝等脑部结构的先天性异常，也可能影响脑脊液的正常循环通路，引发脑积水。
其他因素：孕期母体的一些不良因素也可能对胎儿脑积水的发生产生影响。例如，孕期母体接触某些放射性物质、服用某些致畸药物等。放射性物质可导致胎儿脑部细胞的损伤和发育异常，影响脑脊液的正常代谢和循环；某些药物如在孕期不合理使用抗癫痫药物等，可能干扰胎儿脑部的正常发育过程，增加脑积水的发生几率。另外，母体孕期的营养不良，尤其是缺乏某些重要营养素如叶酸等，也可能影响胎儿神经系统的发育，与胎儿脑积水的发生存在一定关联。
