先天性心脏病的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关。遗传方面有家族遗传倾向，某些单基因缺陷或染色体畸变可致；环境因素包括孕期感染、接触有害物质、不良生活方式；其他因素有孕妇患某些疾病、高龄妊娠等，这些因素均会影响胎儿心脏正常发育从而增加患病风险。
环境因素
孕妇孕期感染：孕期尤其是妊娠前3个月，如果孕妇感染了风疹病毒、巨细胞病毒、流感病毒等，这些病毒可能通过胎盘影响胎儿心脏的发育，导致心脏结构异常从而引发先天性心脏病。例如，孕妇在孕期感染风疹病毒后，胎儿患先天性心脏病的概率会显著升高，因为风疹病毒可以干扰心脏胚胎发育过程中的细胞分化、增殖等关键环节，影响心脏各部分的正常形成。
孕妇孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触放射性物质、某些化学毒物（如苯及其衍生物、农药等）也可能增加胎儿患先天性心脏病的风险。放射性物质会损伤胎儿的细胞，干扰正常的胚胎发育程序；化学毒物可能通过影响胎儿心脏发育相关的基因表达或代谢过程，导致心脏结构和功能异常。比如长期处于高浓度苯环境中的孕妇，其胎儿发生先天性心脏病的几率比正常环境中的孕妇所生胎儿高很多。
孕期不良生活方式：孕妇孕期大量吸烟、酗酒也与先天性心脏病的发生有关。吸烟产生的尼古丁等有害物质会减少胎盘的血液灌注，影响胎儿的氧气和营养供应，同时还可能直接作用于胎儿的心脏发育相关细胞；酗酒则可能导致胎儿酒精综合征，其中心脏畸形是常见的表现之一，酒精会干扰胎儿心脏发育过程中的多种生化代谢途径，影响心脏的正常构建。
其他因素
孕妇患有某些疾病：孕妇患有糖尿病等代谢性疾病时，也容易增加胎儿患先天性心脏病的风险。糖尿病孕妇体内高血糖环境会影响胎儿的代谢，干扰心脏发育所需的营养物质代谢平衡，进而影响心脏的正常形成。例如，孕妇糖尿病控制不佳时，胎儿心脏在发育过程中可能出现间隔缺损等结构异常。
高龄妊娠：孕妇年龄大于35岁属于高龄妊娠，高龄孕妇发生先天性心脏病的风险相对较高。随着孕妇年龄的增加，卵子质量下降，染色体发生异常的几率升高，同时孕期发生各种并发症的风险也增加，这些因素都可能影响胎儿心脏的正常发育，导致先天性心脏病的发生几率上升。
