胎儿室间隔缺损的发生与遗传因素、母体因素及其他因素有关。遗传因素包括染色体异常；母体因素有孕期感染风疹病毒等、接触不良环境因素（如放射性物质、有害化学物质、吸烟酗酒）、患糖尿病等疾病；其他因素有孕期用药不当、胎儿自身发育过程中的偶然因素。
母体因素
孕期感染：孕妇在妊娠早期如果感染风疹病毒、巨细胞病毒等。例如孕妇感染风疹病毒后，病毒可通过胎盘影响胎儿心脏发育，干扰心脏胚胎时期的正常分化和融合过程，从而增加胎儿室间隔缺损的发生风险。一般来说，妊娠前3个月是胎儿心脏发育的关键时期，此时孕妇若发生病毒感染，对胎儿心脏发育的影响更为显著。
孕期接触不良环境因素：孕妇长期接触放射性物质，如在没有做好防护措施的情况下接触X射线等，或者长期处于污染的环境中，接触有害化学物质，如苯、甲醛等。这些不良环境因素可能会损伤胎儿的基因，影响心脏发育相关的细胞分化和组织形成，进而导致室间隔缺损等心脏畸形的发生。另外，孕妇孕期大量吸烟、酗酒也会增加胎儿室间隔缺损的发生概率。吸烟产生的尼古丁等有害物质以及酒精都会通过胎盘影响胎儿的发育，干扰心脏的正常构建。
孕期患有某些疾病：孕妇患有糖尿病等代谢性疾病时，血糖控制不佳会影响胎儿的代谢环境。高血糖环境可能干扰胎儿心脏发育过程中的细胞代谢和信号传导，使得心脏在形成室间隔等结构时出现异常，增加室间隔缺损的发生风险。例如，孕妇未控制好的妊娠糖尿病，其胎儿发生先天性心脏病包括室间隔缺损的几率明显高于血糖控制良好的孕妇。
其他因素
孕期用药不当：孕妇在不知情的情况下服用了某些可能影响胎儿心脏发育的药物，如一些抗肿瘤药物、抗癫痫药物等。这些药物可能通过干扰胎儿心脏发育的关键环节，导致室间隔缺损等心脏畸形。虽然这种情况相对较少见，但孕妇在孕期用药必须谨慎，需要在医生的指导下合理用药，避免自行随意服药。
胎儿自身发育过程中的偶然因素：在胎儿心脏发育的过程中，一些偶然的因素也可能导致室间隔缺损。例如心脏胚胎发育时期的某些细胞凋亡异常、细胞增殖与分化失衡等情况。这些因素可能是随机发生的，目前具体的机制还不完全明确，但胎儿自身发育过程中的这些异常变化可能会影响室间隔的正常形成，从而出现室间隔缺损。
