小儿脑积水的原因包括先天因素和后天因素。先天因素有神经管发育异常（胚胎早期神经管闭合障碍、遗传因素致神经管发育相关基因异常）和染色体异常（如21-三体综合征患儿易伴脑室系统异常致脑积水）；后天因素包含颅内感染（如化脓性、结核性脑膜炎致蛛网膜颗粒粘连使脑脊液吸收受阻）、颅内出血（早产儿脑室周围-脑室内出血及外伤致颅内出血阻塞脑脊液循环通路）、肿瘤（颅内肿瘤阻塞脑脊液循环通路引发脑积水），有相关高危因素的小儿需密切观察生长发育，异常及时就医。
染色体异常：某些染色体数目或结构的异常也与小儿脑积水相关。如21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常伴有脑室系统的异常改变，发生脑积水的概率相对较高。染色体异常会影响多种胚胎发育相关的基因表达和调控，干扰脑脊液的正常生成、循环和吸收过程，最终导致脑积水的发生。
后天因素
颅内感染：婴儿期颅内感染，如化脓性脑膜炎、结核性脑膜炎等，炎症会导致蛛网膜颗粒粘连，使得脑脊液的吸收受阻。例如，化脓性脑膜炎时，病原菌引起脑膜的炎症反应，炎性渗出物可阻塞蛛网膜颗粒，影响脑脊液从蛛网膜下腔回流入静脉窦，导致脑脊液在颅内积聚，引起脑积水。结核性脑膜炎时，结核杆菌引起的炎性病变同样可能造成蛛网膜颗粒粘连，阻碍脑脊液吸收，进而引发脑积水。
颅内出血：早产儿脑室周围-脑室内出血较为常见，出血后血液可阻塞脑脊液循环通路。血液在脑室内积聚，会影响脑脊液的正常流动，导致脑室系统扩张，引发脑积水。此外，外伤导致的颅内出血，如硬膜下出血、脑内出血等，若血液积聚在颅内，也可能堵塞脑脊液循环通道，引起脑积水。例如，头部受到外力撞击后，颅内血管破裂出血，形成血肿，压迫脑脊液循环通路，使脑脊液回流障碍，逐渐导致脑积水的发生。
肿瘤：颅内肿瘤可阻塞脑脊液循环通路，从而引起脑积水。例如，颅后窝的肿瘤，如髓母细胞瘤、室管膜瘤等，可阻塞第四脑室出口，导致脑脊液循环受阻，脑室系统扩张，引发脑积水。肿瘤的生长会占据颅内空间，影响脑脊液的正常流动路径，使得脑脊液在局部积聚，随着肿瘤的增大，脑积水症状可能逐渐加重。
小儿脑积水的原因较为复杂，先天因素和后天因素均可导致。对于有相关高危因素的小儿，如母亲妊娠早期有感染史、早产儿、有颅内出血或颅内感染病史等，应密切观察小儿的生长发育情况，如有异常及时就医检查，以便早期发现和处理小儿脑积水问题。
